烟台毓璜顶医院擅长耳鼻咽喉头颈外科、泌尿外科、心血管内科、重症医学科、消化内科，这些科室均是国家重点专科，学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、耳鼻咽喉头颈外科
为山东省内地市级医院本专业领域的头部科室和龙头单位、山东省首批医药卫生特色专科，现为集医研产为一体的全国一流耳鼻咽喉头颈外科中心。科室在头颈部恶性肿瘤、鼻-鼻颅底疾病等方面具有雄厚诊疗实力，业务能力和技术水平位居国内先进、全省前列。
2、泌尿外科
为国家临床重点专科（建设项目）、山东省医药卫生首批重点学科、全国卫生系统质量品牌单位。科室医疗设备齐全，技术力量雄厚，专业人才结构合理，在泌尿系疾病基础研究、腔镜及机器人微创手术、肾脏移植、男科专病和结石腔内治疗方面居国内领先地位。
3、心血管内科
是省级区域医疗中心，是山东省临床重点专科、全国临床药理实验基地。心脏病介入治疗是心血管内科的专业优势特色。其中PCI、起搏及射频消融治疗例数居省内前3位，房颤射频消融居省内首位，技术水平处于国内领先。并在省内或胶东地区率先开展了急诊PCI、复杂病变PCI、房颤射频消融术等。
4、重症医学科
是山东省内成立重症医学科最早的几家医院之一，目前已步入省内同专业先进行列，为山东省重点临床专业学科及烟台市A级重点学科。科室在血液净化治疗方面，其中肝功能替代、配对血浆滤过吸附治疗技术处于国内先进及省内领先水平；在机械通气治疗方面，处于国内先进水平，省内领先水平。
5、消化内科
为国家消化道早癌防治中心联盟首批基地、省临床精品特色专科、省临床重点专科。科室在医院实行综合目标考核中近9年以来一直居全院内科系统首位。综合实力居国内先进、省内领先水平。
