宜宾市第二人民医院擅长神经外科、传染科、口腔科、骨科、耳鼻喉科等。
1、神经外科
是本院的重点专业科室之一，是四川省医学甲级重点专科。科室拥有合理的专业医疗队伍和先进的专业技术设备，可开展血管神经减压术治疗顽固性三叉神经病、不开刀经皮三叉神经半月节球囊压迫术治疗三叉神经痛、手术治疗顽固性外伤性癫痫和颞叶癫痫、DBS治疗帕金森、药物封闭注射治疗面神经瘫痪等。
2、传染科
是集临床、教学、科研于一体的临床科室，为四川省医学甲级重点专科、全国人工肝及血液净化技术师范中心、西南肝病临床诊疗联盟医院、中国慢性丙型肝炎规范化诊疗分中心。科室技术力量雄厚，整体水平高，设备先进，诊治能力在全省内达到领先水平，主要负责宜宾市及周边地区各种肝病、艾滋病、及重症感染性疾病等的诊治工作。
3、口腔科
是集医疗、教学、科研、预防保健为一体的综合科室，同时也是宜宾市口腔住院医师规范化培训基地和口腔质量控制分中心挂靠单位。科室设施配置先进，配备有口腔锥形束CT、数字化全景X光机、卡瓦种植机等，其业务范围广泛，主要开展种植义齿修复、烤瓷牙固定修复、根尖手术、牙槽骨手术、直丝弓矫治技术、隐形矫治技术等，能够满足不同患者的需求。
4、骨科
现已成为川中南区域的专科化科室，为四川省首批医学甲级重点专科，是川中南首批国家住院医师规范化培训基地，也是宜宾市首批人工髋关节置换、人工膝关节置换资质获得者专科。科室医护人员每年都要外出进修学习或参加国际国内学术会议或承办学术会议，学术技术水平在本地区处于前列。
5、耳鼻喉科
为该院特色专科之一。科室拥有完善的现代化一流检查设备和手术设备，人才结构合理，医师医术精湛，技术力量雄厚，整体诊疗水平处于本地区领先地位，担负着临床、教学、科研三大任务，为川中南地区耳鼻喉专科医师培训基地。