上海消化科医院排名靠前的是上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科、上海长海医院消化内科、复旦大学附属中山医院消化科等。上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科连续4年蝉联中国医院最佳专科声誉排行榜消化病专科榜榜首，是国内消化科主要的医疗、科研和教学基地之一；上海长海医院消化内科2023年、2022年全国专科声誉排名均位列第3名，是集医、教、研为一体的专业化消化疾病诊疗科室；复旦大学附属中山医院消化科2023年、2022年全国专科声誉排名均位列第9名，是卫生部首批临床重点专科，由我国内科学奠基人之一林兆耆教授创建。
1、上海交通大学医学院附属仁济医院 消化内科
该科室2021-2023年连续位列复旦版中国医院专科综合/声誉排行榜消化病专科第1名，已连续4年蝉联该榜单榜首。科室1984年由江绍基院士和萧树东教授创建，是国家教育部重点学科、上海市重中之重临床医学中心，2011年以卫生部评审全国第1名成绩入选国家临床重点专科。科室配套166张住院床位、4600平米临床内镜中心、1600平方米科研实验室，年门诊量超70万人次稳居全国首位，年内镜诊治超26万人次，是全国内镜诊治项目最齐全的机构之一，累计承担国家自然科学基金项目超200项，以第一完成单位获国家科技进步奖4项，牵头制定近10部消化疾病领域临床指南，独创的幽门螺杆菌四联疗法等方案获国际指南推荐，年培训全国消化专科骨干百余名。
2、上海长海医院 消化内科
该科室2021-2023年连续位列复旦版中国医院专科综合/声誉排行榜消化病专科第3名，是国家消化病临床医学研究中心、免疫与炎症全国重点实验室、国家消化内科专业质控中心依托单位，为国家重点学科、国家临床重点专科。科室年门诊量24万人次、年住院收治8000余例次、年内镜诊治10万例次，其中内镜下逆行胰胆造影术、超声内镜及胰管结石体外震波碎石术开展量居国内首位，急性胰腺炎等病种收治量居上海市首位。科室由李兆申院士领衔，团队硕博占比77.5%，累计承担国家级科研项目逾百项，获国家科技进步二等奖6项，牵头制定指南共识50余部，累计为全国、全军培养消化专科及内镜专业人才3300余名。
3、复旦大学附属中山医院 消化科
该科室2022、2023年复旦版全国专科声誉排名均位列第9名，2021年位列专科综合排名第10名，2019-2021年连续三年居中国医学院校科技量值消化病学专科排行榜第3位，是卫生部首批临床重点专科。科室年门诊量超34万人次、年出院逾6500人次，开设8个特色专病门诊，亚专业设置齐全，在门脉高压、慢性肝病、炎症性肠病等领域诊疗水平居国内领先，近5年获国家自然科学基金20余项，发表SCI论文超200篇，多篇成果刊发于《Lancet》等顶级期刊，团队全球首先发现并证实“土三七”致肝窦阻塞综合征的毒性成分，曾获国家科技进步二等奖等重磅奖项。
4、上海交通大学医学院附属瑞金医院 消化内科
该科室入选2023年复旦版全国专科声誉排名提名名单，至今已有70年发展历史，是国家教育部消化内科重点学科组成单位、国家临床重点专科，先后获批硕士学位点、博士学位点、博士后流动站及国家药品临床研究基地，年门诊量16.6万人次、年出入院5154人次、年内镜检查及治疗7万余人次，科室71%具有硕博学位，45%有海外学习经历，在炎症性肠病、胰腺肿瘤、复杂ERCP诊治量居上海市第2位，擅长各类消化系疑难杂症诊治，累计承担国家级课题51项，总科研经费2603万元，发表SCI论文248篇，单篇最高影响因子达66.85，多次获得国家及上海市级科技进步奖项。
5、复旦大学附属华山医院 消化科
该科室成立于1964年，是复旦大学消化疾病研究所所长单位、国家临床重点专科建设单位，同时为华山医院分子与转化医学研究所疑难病例研究部主任单位。科室聚焦消化系统常见病、危急重症及疑难病诊疗，可为患者提供个体化高质量医疗服务，在消化系肿瘤个体化治疗、各类疑难肝病诊治、消化内镜介入治疗肿瘤领域达到国内领先水平。科室团队实力雄厚，学科带头人刘杰教授为教育部“长江学者”特聘教授、国家“杰出青年基金”获得者，团队汇聚新世纪百千万人才工程国家级人选等多名高层次人才，设有博士后流动站，先后承担国家自然科学基金、国家科技部“863”“973”计划等各类科研项目十余项。
