香港大学深圳医院擅长的科室有神经内科、心血管内科、骨科、临床肿瘤中心、生殖中心等。
1、神经内科
香港大学深圳医院神经内科，属于内科的一个亚专科，擅长急性脑血管病、帕金森病及运动障碍疾病、中枢神经炎症及免疫性疾病、周围神经及肌肉疾病、癫痫等疾病的诊治。同时，神经内科已开展肌电图、神经传导速度测定、诱发电位、脑电图、经颅多普勒等检查，可为临床诊治提供重要参考。
2、心血管内科
香港大学深圳医院心血管内科为深圳市重点培育学科、深圳市三名工程科室、最年轻高水平医院重点建设科室之一，常规开展心血管常见病（含冠心病、高血压、心力衰竭、心肌病、心脏瓣膜病、心包疾病、先天性心脏病、心脏早博等）、多发病及疑难危症疾病、心脏罕见病的诊断与治疗，24小时开展急性心肌梗死救治。擅长复杂多支血管病变、钙化病变、分叉病变、左主干病变等高危重症患者的介入治疗。
3、骨科
香港大学深圳医院骨科为香港大学深圳医院的五大医学诊疗中心之一，为深圳市重点培育学科（骨科），下设有脊柱外科、小儿骨科、运动医学科、创伤及综合骨科、关节外科五个亚专科，所开展的术中神经电生理监护技术及相关基础研究，已达国际一流水平。还建立了骨科数字化医疗3D打印平台，引进EOSX线影像采集系统、O型臂导航定位系统等高端设备。
4、临床肿瘤中心
香港大学深圳医院临床肿瘤中心，开展了术前治疗（新辅助化疗）、外科切除治疗、术后辅助化疗、放射治疗、内分泌治疗、靶向治疗、免疫治疗和舒缓治疗等多项特色治疗，其中妇科肿瘤组肿瘤亚专科在国内率先开展的全麻下妇科肿瘤后装治疗，插植治疗极大程度缓解了患者痛苦。
5、生殖中心
香港大学深圳医院生殖中心是深圳市生殖医学重点培育学科，设有女性不孕不育与辅助生殖技术、妇科内分泌与不孕症、生殖微创手术、反复流产、反复胚胎移植失败、多囊卵巢、男科、男科内分泌、生殖男科微创手术等亚专科，可进行常规体外受精-胚胎移植、卵胞浆内单精子显微注射等。同时培训达国际水平的生殖医学专家，使港大深圳医院、深圳乃至周边地区的生殖医学科达到国际水平。