东莞市厚街医院擅长的科室有皮肤科、重症医学科、呼吸与危重症医学科、神经外科、产科等。
1、皮肤科
东莞市厚街医院皮肤科于2008年1月独立创科，是东莞市综合性医院中规模较大的著名皮肤性病专科，2013年被评为广东省临床重点专科。科室配备了多种激光设备，能进行过敏原检测，同时开展微整形注射美容。对皮肤病常见病多发病性病及少见病疑难病危重病（如重症药疹天疱疮SSSS皮肌炎过敏性休克）的治疗积累了丰富的经验。科研方面，科研立项2项，东莞市科技局2项，在国家级省级专业核心期刊发表论文20余篇。
2、重症医学科
东莞市厚街医院重症医学科成立于1999年，每年抢救各类危重病人1000余人次，目前已成为东莞市最大的综合性重症医学科之一，承担本院及其周边地区危重病人的抢救任务。重症医学科是东莞市重点专科、东莞市特殊护理专科培训基地，为东莞市一二级医院持续培训ICU专科医疗、护理人员。现正进行的省级科研项目1项，市级科研项目有2项，市级重大科研项目1项。
3、呼吸与危重症医学科
东莞市厚街医院呼吸与危重症医学科是东莞市临床重点专科、国家呼吸与危重症规范化建设三级达标单位。病区设有支气管镜室、睡眠监护室、无创通气室。科室医疗技术力量雄厚，设备先进。广泛开展了气道高反应性的检测、经支气管镜异物钳取、活检、冷冻、电切、胸膜活检等检查及治疗。对疑难病例、呼吸危重症病人的诊断、监护、抢救及呼吸机通气治疗等诊治有丰富的临床经验。省市课题多项，科、教、研处于东莞市领先水平。
4、神经外科
东莞市厚街医院神经外科成立于2005年，经全体医护人员努力，现成为集医疗、教学、科研、神经功能康复等为一体的专业科室。拥有一支专业技术过硬、服务优良、团结协作的医护团队。科室承担大量教学工作，承担广东医科大学本科生临床教学工作及其他多家医学院校的实习生带教工作。同时科室重视发展科研工作，与兄弟科室合作完成多项市级、省级课题，并在国家级、省级医学期刊发表论文上百篇。
5、产科
东莞市厚街医院产科成立于1957年，经过数代人的辛勤耕耘，已成为集医疗、教学、科研、预防为一体的重要科室。拥有国内外多种先进医疗设备，是广东医科大学重点扶持专科、广东省第二人民医院生殖中心厚街医院分中心、东莞市临床重点专科、东莞市助产士培训基地，助产护理专科获东莞市重点专科建设经费支持。已成功开展了产科的各种类型手术，达到了东莞市先进水平之列，2021年被评为东莞市重点专科。