西安市第五医院擅长的科室有风湿科、骨科、心血管科等。
1、风湿科
西安市第五医院风湿科是国家中医药管理局重点中医专科，西安市风湿病重点学科，创建于1974年。1995年附设免疫实验室，在省内最早进行自生抗体谱的检测，率先开展抗RA33抗体、RF分型、包衬抗体ANCA抗体等研究，并应用于风湿病临床诊断与治疗。科室为陕西省最早对风温性疾病进行系统诊断治疗的科室。已获市科技进步奖三项，省市科研课题三十余项。
2、骨科
西安市第五医院骨科是省中医药管理局重点学(专)科，拥有一批专业的技术队伍，其显微外科及脊柱外科技术水平在陕西地区乃至西北地区享有一定的盛誉，尤其在脊柱外科的介入及微创治疗方面处于省内领先水平。能够开展各种复杂的四肢骨折、脊柱骨折的切开复位内固定术，腰颈椎间盘突出症介入治疗等，尤其是对各种复杂型颈椎病的外科治疗方面方式多样，效果良好。对人工全髋关节置换、人工股骨头置换及膝关节病的治疗有较丰富的临床经验。
3、心血管科
西安市第五医院心血管科，是国家中医药管理局重点学科培育项目，由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉心血管科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗心绞痛、猝死、高血压、心律失常、心力衰竭、心律不齐、早搏、心肌梗死、心肌炎，心肌病等方面具有显著优势。