南京肿瘤科医院排名靠前的是江苏省肿瘤医院肿瘤内科、江苏省人民医院肿瘤科、南京鼓楼医院肿瘤中心等，江苏省肿瘤医院肿瘤内科2021年获评复旦版全国专科综合排名第9名，2022、2023年蝉联复旦版全国专科声誉排名第9名，是国内较早成立的肿瘤内科之一，至今已有50余年历史；江苏省人民医院肿瘤科1999年成立，是江苏省“十一五”肿瘤学重点专科，2012年成功获批江苏省肿瘤转化研究中心；南京鼓楼医院肿瘤中心是国家癌症区域医疗中心共建单位、首批国家临床重点专科，在肿瘤个体化治疗及免疫治疗原始创新领域处于国内领先地位。
1、江苏省肿瘤医院 肿瘤内科
该科室2021年位列复旦版全国专科综合排名第9名，2022、2023年蝉联复旦版全国专科声誉排名第9名，是国内较早成立的肿瘤内科之一，至今已有50余年历史。科室现有核定床位346张，设8个病区、1个日间病区、1个层流病房共22个治疗单元，医护人员228名，其中在职医生74名，含主任医师32名、副主任医师19名，拥有博士学位者26名。科室是江苏省临床重点专科、江苏省癌症化疗中心、首批卫生部癌痛规范化治疗示范病房、国家新药临床试验机构，2020年成为国家卫健委首次批准的CAR-T治疗资质单位。科室全年收住病人超5万人次，门诊量15余万人次，2005年以来已完成国内外新药临床试验1000余项，受益患者2万余人，下设8个肿瘤诊疗中心，常规开展多学科联合门诊，为患者制定个体化诊疗方案。
2、江苏省人民医院 肿瘤科
该科室于1999年成立，是江苏省“十一五”肿瘤学重点专科，2012年获批江苏省肿瘤转化研究中心，是江苏省“兴卫工程”高技术平台培育点之一，也是卫生部第一批癌痛规范化治疗示范病房、卫生部“高强度聚焦超声技术治疗肿瘤综合评价”培育点（全国仅2个），肿瘤学实验室为江苏省135重点实验室之一。科室现有4个病区、200张床位，医护工作人员96人，其中高级职称21人，博士20人，博导5人、硕导10人；多人入选江苏省“333”跨世纪学术技术带头人培养工程、六大人才高峰等省级以上人才项目。近3年科室共获得国家自然科学基金课题18项，以通讯作者单位发表110余篇SCI论文，参与成果见于《NatureGenetics》《JClinOncol》等国际顶级期刊，获教育部自然科学一等奖、省科技进步奖二等奖等多个奖项。
3、南京鼓楼医院 肿瘤中心
该科室是国家癌症区域医疗中心共建单位、首批国家临床重点专科、江苏省肿瘤新技术医学中心，同时是国家首批肿瘤高通量测序临床应用试点单位、国家首批药品临床试验基地、国家首批放疗规培基地。学科是江苏省首家肿瘤学博士培养单位，建有南京大学临床肿瘤学研究所、肿瘤学博士后工作站，是南京大学医药生物技术国家重点实验室与江苏省恶性肿瘤协同创新中心PI单位，也是中国抗癌协会整合肿瘤学分会及江苏省抗癌协会整合肿瘤学专业委员会主委单位。科室现有核定床位209张，设10个亚专科、8个协作组，开展30余项特色技术，研究者发起32项单/多中心临床试验。学科累计获60项省部级以上课题、40余项科技奖励，发表SCI论文300余篇，获29项国家发明专利授权，在肿瘤免疫治疗原始创新领域处于国内领先地位。
4、东南大学附属中大医院肿瘤科
该科室为江苏省临床重点专科，是肿瘤学博士学位授予点，1992年成立，是南京市综合三级甲等医院中较早成立的专业肿瘤科室。科室现有博士生导师2名、硕士生导师4名，主任医师3名、副主任医师4名，医师队伍中含博士学位9名、硕士学位10名，其中留学博士1名。学科设置涵盖门诊、病区、肿瘤科实验室、直线加速器治疗室、肿瘤治疗热疗室，配备肿瘤放射治疗直线加速器、CT模拟定位机、肿瘤热疗机等先进设备。科室开展化疗、分子靶向治疗、放疗、内分泌治疗、中西医结合治疗、心理治疗、热疗等多类诊疗项目，覆盖多系统实体肿瘤；目前在研国家及省级自然基金项目近十项，SCI收录科研论文累计影响因子30分以上。
5、东部战区总医院肿瘤内科
该科室是国内大型综合医院较早成立的肿瘤专科，现为南京大学、第二军医大学硕士、博士研究生及南京军区博士后培养学科，是江苏省医学重点学科（建设单位）和南京军区肿瘤内科中心。科室有临床医师12人，其中主任医师2人、副主任医师3人，具有博士学位者5人、硕士学位者6人；开放住院床位70张，配备深部肿瘤热疗机、微波刀、层流床等大型医疗仪器，年收治各类肿瘤患者2600多人次，门诊15000多人次。科室在常规诊疗基础上先后开展基因检测指导下的预见性化疗、热化疗联合治疗等20多项新技术，对肺癌、恶性淋巴瘤等的治疗居国内领先水平；近年承担国家自然科学基金项目9项，发表SCI论文40多篇，主编《循证肿瘤治疗学》等多部肿瘤学专著，培养硕博及博士后研究生20多名。
