上海肝胆肿瘤医院排名第一的是上海交通大学医学院附属瑞金医院，该医院肝胆外科是上海市重点学科，国内最早成功开展临床肝移植的单位，同时拥有国际先进的达芬奇机器人系统、术中放疗仪等设备。除此之外，上海肝胆肿瘤医院好的还有复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院，其普外科和胰腺外科都为卫生部临床重点专科。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院-肝胆外科
该医院肝胆外科形成了以胃肠道癌肿、重症胰腺炎、器官移植、微创外科为特色的，在各个方面具有综合优势的重点学科。在肝胆肿瘤的诊治方面，达到或接近国际先进水平，部分达到国际领先水平。
2、复旦大学附属中山医院-普外科
该医院普外科是国家重点学科和临床重点专科，以亚专业学科建设为主要方向，以多学科协作诊治和内镜与微创外科为重要平台，在肝胆外科等领域形成研究特色。学科团队人员素质优秀，提高了学科影响面和辐射力。
3、复旦大学附属华山医院-肝胆外科
该医院肝胆外科是拥有优秀学科团队的品牌学科，坚持精准外科与个体化治疗、无创与微创并举的发展理念，并发挥多学科协作的优势。主要临床特色包括肝脏肿瘤的外科手术治疗、肝脏移植等，并积累了丰富的临床经验。
4、上海交通大学医学院附属仁济医院-肝脏外科
该医院肝脏外科从肝移植科发展而来，已成为全球最大的肝移植中心之一，拥有丰富的儿童肝移植经验，年完成量连续八年居世界首位，同时擅长肝胆肿瘤的诊治。该科室发表了多篇高质量论文，并牵头制定了《中国儿童肝移植临床诊疗指南》，成果获得了多个奖项。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院-普外科
该医院普外科具有肝胆胰外科等专业特色，聘请知名专家进行指导。经过几代人的努力，该科室在门静脉高压症、肝胆肿瘤等领域达到了国内领先水平，并将单孔腹腔镜胆囊切除作为常规手术，以减轻手术创伤，加速患者康复。
