上海中医药大学附属龙华医院擅长的科室有骨伤科、脾胃病科、肛肠科、中医外科、针灸科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、骨伤科
上海中医药大学附属龙华医院骨伤科由全国伤科大家石筱山先生创建于1960年，继承了享誉全国的沪上四大伤科流派（石氏、王氏、殷-闵氏伤科）的学术思想与临证经验，在历任科主任石筱山、吴诚德、施杞、杨志良、侯宝兴、莫文教授的带领下，以脊柱与关节退行性疾病为研究重点，坚持中医药特色与现代技术相结合，提升临床诊疗能力和学术水平。
2、脾胃病科
上海中医药大学附属龙华医院脾胃病科目前已成建设成为国家中医药管理局重点专科、上海中医药大学消化临床优势专科、上海中医药大学脾胃病研究所临床基地、上海市中医溃疡性结肠炎临床优势专科、上海市教委重点学科、孟河学派丁甘仁内科黄文东流派传承基地、上海中医脾胃病专科联盟组长单位。学科的学术影响力和医疗能力均居全国前列，居2022年全国中医医院脾胃病科学术影响力排行榜第9名，居2022年全国中医医院消化内科（含脾胃病科）排行榜第10名。
3、肛肠科
上海中医药大学附属龙华医院肛肠科是海派中医“顾氏外科”的重要组成部分，是国家临床重点专科、国家中医药管理局“高水平重点学科”和重点专科，是上海市中医肛肠临床基地，上海市中医肛肠质控中心组长单位和上海市市级医院中医外科专科联盟盟主单位。被评为中国中医医院中医肛肠学科学术影响力全国第一、艾力彼中国医院最佳临床型肛肠专科（2021年度），中医药系统改善医疗服务先进典型。
4、中医外科
上海中医药大学附属龙华医院中医外科传承顾氏外科流派的学术思想与临证经验，以提高临床疗效，提升诊治疑难、复杂及危重疾病的救治能力，创新和推广外科特色适宜技术为核心目标，以提高慢性难愈性创面等疾病防治水平为突破口，在始终坚持弘扬和创新中医特色和优势基础上，博采国内各家之长，并与现代技术相结合，不断拓展外科学术范围，形成了临床中心－重点学科/重点专科―研究所（实验室）―名中医工作室四位一体的发展模式，科室学术内涵与学术水平稳步提升。
5、针灸科
上海中医药大学附属龙华医院针灸科是医院历史最为悠久的四个科室之一，于1960年7月成立。在六、七十年代曾云集陆瘦燕、朱汝功、黄羡明、金舒白、陈汉平等多位针灸名家，科室规模、技术力量、就诊病人数量，当时堪称沪上第一。针灸科始终坚持中医传统，传承老一辈针灸名师的针灸技术特色，包括针刺、艾灸（隔姜灸、隔附子饼灸、隔药饼灸、督灸等）、化脓灸、温针、火罐、三棱针（放血疗法）、穴位敷贴等，并结合运用现代的电针、穴位注射、耳针、头针等多种方法，治疗各科的常见病和疑难病。
