郑州大学第五附属医院擅长消化内科、呼吸内科、神经外科、血管外科、康复中心等。这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、消化内科
郑州大学第五附属医院消化内科是省医学重点学科，消化内科一病区开展消化系统内科常见病、多发病及疑难疾病的诊治，擅长幽门螺杆菌（HP）感染、肝硬化的诊治，消化道早癌筛查及内镜下诊断、治疗。消化内科二病区开展消化道肿瘤内镜下诊治，可明显提高消化道早癌的诊断率。
2、呼吸内科
郑州大学第五附属医院呼吸内科是省医学重点学科，对肺部感染、慢性支气管炎、支气管扩张、肺心病、支气管哮喘、肺间质疾病、肺血栓栓塞症及下肢深静脉血栓形成、肺部肿瘤等疾病的诊治及治疗有较高水平。尤其在肺部肿瘤的鉴别与综合治疗；抗生素的合理利用；机械通气治疗呼吸衰竭；肺间质疾病鉴别和治疗方面。
3、神经外科
郑州大学第五附属医院神经外科是省医学重点学科，采用手术及术后亚低温联合干细胞综合治疗重型脑损伤、高血压脑出血、采用世界上先进的癫痫定位系统顽固性癫痫外科治疗、脑室镜治疗脑积水及脑内各种囊肿等方面治疗效果显著，达到国内先进水平。在脑垂体瘤、脑膜瘤、脊髓肿瘤、听神经瘤及脑动脉瘤复杂脑肿瘤的显微手术、脑胶质瘤个体化综合治疗、脑瘫外科治疗等方面积累了丰富的经验，已形成明显的区域优势。
4、血管外科
郑州大学第五附属医院血管外科是省医学重点学科，学科技术力量雄厚，设备先进，拥有省内少有的“杂交手术室”，能开展各种复杂血管疾病诊疗。特别是在颈动脉硬化狭窄，胸、腹主动脉瘤，主动脉夹层，下肢动脉硬化闭塞症外科手术联合腔内治疗方面，处于国内先进水平。
5、康复中心
郑州大学第五附属医院康复中心是省医学重点学科，专业致力于脑血管病、脑外伤、脊髓损伤、脑瘫、骨关节疾病等引起的偏瘫、截瘫、四肢瘫、语言障碍、吞咽障碍、肌肉痉挛、大小便障碍等各种功能异常，在护理方面包括神经源性膀胱、压疮处理、鼻饲饮食等方面又具有鲜明的护理特色。