厦门呼吸科医院排名靠前的是厦门大学附属第一医院呼吸内科、厦门大学附属中山医院呼吸内科、厦门医学院附属第二医院呼吸肿瘤内科等，厦门大学附属第一医院呼吸内科是福建省内建制最早的呼吸专科之一，2017年位居中国医学科学院发布的科技影响力排名全省第一；厦门大学附属中山医院呼吸内科是福建省临床重点专科、国家呼吸系统临床医学研究中心分中心，胸膜疾病诊治处于全国领先水平；厦门医学院附属第二医院呼吸肿瘤内科是国内首家以“院内院”形式成立的呼吸病专科医院的重要组成部分，肺部肿瘤介入诊疗水平居国内领先行列。
1、厦门大学附属第一医院 呼吸内科
该科室有近40年发展历史，是福建省内建制最早的呼吸专科之一，年门诊量、年收住患者数逐年攀升。依托厦门大学及医院平台，科室形成呼吸危重症、肺癌、慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺部感染性疾病、睡眠呼吸障碍、间质性肺疾病等多个深耕细作的亚专科诊疗组。2021年1月，该科室被中国医师协会呼吸医师分会等四大国家级呼吸专业机构联合授予国家呼吸内科规范化建设三级医院优秀单位，是厦门市唯一获此殊荣的科室。在中国医学科学院发布的科技影响力排名中，该科室2016年位居全省第三、厦门第一，2017年升至全省第一。近年来科室承担和参与国家、省、市级科研计划20余项，发表学术论文100余篇，其中SCI论文20余篇，获国家发明专利4项、2021年厦门市科技进步一等奖1项，是闽西南地区呼吸疾病诊治和研究中心、疑难危重病人联络会诊及转诊救治基地。
2、厦门大学附属中山医院 呼吸内科
该科室是福建省临床重点专科、国家呼吸系统临床医学研究中心分中心、博士后工作站，下设9个亚专科，为国家住院医师规范化培训基地、国家药物与器械试验基地。科室设有钟南山院士工作室，与广州呼吸疾病健康研究院院士团队开展临床、亚专科、科研全维度合作。作为中华医学会呼吸分会胸膜学组委员及全省胸膜腔疾病学组组长单位，该科室参与制定我国第一部胸腔积液指南，出版我国第一部胸膜疾病专著，胸膜疾病诊治处于全国领先水平。科室在国内率先开展肠道菌群移植治疗重症难治性哮喘和慢阻肺，率先提出呼吸亚ICU概念并实施“呼吸重症＋呼吸亚重症＋呼吸病房”一体化救治模式。科室年门诊量8万余次、年出院患者5000余人次，长期牵头闽西南地区疑难病例讨论，是省内呼吸系统疑难病诊治中心。
3、厦门医学院附属第二医院 呼吸肿瘤内科
该科室是国内首家以“院内院”形式成立的呼吸病专科医院的组成部分，也是厦门医学院呼吸疾病研究所的重要组成部分。科室诊疗范围覆盖肿瘤内科治疗、实体肿瘤介入治疗两大领域，其中肿瘤内科治疗包含化学治疗、靶向治疗、免疫治疗、姑息治疗等方向，实体肿瘤介入治疗涵盖经皮介入、经血管介入、经支气管镜介入等多种路径。近年来科室肿瘤多学科诊治模式日趋成熟，积极参与MDT门诊，联合外科、放疗科、病理科、影像科等多科室开展讨论，为肿瘤患者制定个体化、规范化诊疗计划。目前科室肺部肿瘤的经皮介入治疗及经支气管镜介入治疗已处于国内领先水平。
4、厦门中医院 呼吸与危重症医学科
该科室前身为1979年成立的厦门市中医院呼吸科，2021年正式更名，年门诊量4万余人次，年出院患者1000余人次，诊疗覆盖呼吸科常见病、多发病及部分少见病种。科室深耕呼吸系统疾病的中医及中西医结合诊疗四十余年，在感染性疾病、各类病因咳嗽、慢支、肺气肿、支气管哮喘、肺部结节等疾病及呼吸康复领域积累了丰富经验。科室突出中医特色，坚持辨证论治，擅长内病外治、冬病夏治等中医特色疗法，临床疗效突出。现为福建省医联体成员单位、中医呼吸专业药物临床试验基地，近5年完成多项中西药物多中心II期临床项目，是北京中医药大学、福建中医药大学等多所高校的教学基地。新冠肺炎疫情期间，科室主导厦门市及该院中医药防治新冠肺炎工作。
5、中国人民解放军第一七四医院 呼吸内科
该科室年门诊量约8000人次，年纤维支气管镜检查治疗约200例，年收住院患者约1400人次。科室诊疗技术特色突出，可开展电子及纤维支气管镜检查与镜下治疗、呼吸衰竭救治、CT定位下经皮肺组织活检、胸腔穿刺置管、顽固性肺咯血介入治疗、机械排痰及肺功能测定等多项诊疗技术。针对危重呼吸衰竭患者，科室采用支气管镜下肺灌洗结合肺保护性机械通气、小潮气量通气等策略开展救治，明显提高了救治成功率；针对胸腔积液、气胸患者，采用中心静脉置管行胸腔穿刺置管，可减少创伤并避免反复穿刺。科室近年来申请研究课题科研基金项目1项，发表多篇学术论文，与多家上级医院保持密切学术联系，承担多所医学院校的实习教学任务。
