孝感市中医院擅长的科室有肝病科、肾病科、针灸科、推拿科、脑病科等。
1、肝病科
孝感市中医院肝病科是省重点中医专科，已形成临床、科研、教学体系，由临床经验丰富的知名专家主诊，采用专病专方治疗方法，对病毒性肝炎、肝硬化腹水等肝脏病症有良好的治疗效果。该科科研课题《路皂茵陈汤治疗慢性乙型肝炎临床研究》通过省级鉴定，达国内先进水平，已获得省科技进步三等奖，填补了孝感市临床医学获省级以上科技奖励的空白。
2、肾病科
孝感市中医医院肾病科是湖北省重点中医专科，科室采用中西医结合治疗慢性肾炎、慢性肾功能衰竭、肾病综合征等肾科常见病、多发病及疑难病。中成药制剂“利水消肿胶囊”、“金琥胶囊”疗效确切，得到广大患者的好评；协定方“附子黄芪汤”在辨证治疗脾肾阳虚证方面也得到了患者的肯定。
3、针灸科
孝感市中医医院针灸科是湖北省孝感市重点专科，科室设有现代康复理疗中心，拥有大批国内先进的诊疗仪器，积极运用中西医结合的理论，将现代康复治疗技术与传统针灸理疗有机结合，以疼痛治疗为重点，运用针灸、小针刀等传统康复技术，与臭氧、射频等现代微创介入技术相结合，针对腰椎间盘突出症、坐骨神经痛等引起的疼痛疗效甚佳，预后良好。
4、推拿科
孝感市中医医院推拿科是湖北省重点中医专科，科室坚持“发挥中医特色、中西医结合”的原则，运用推拿、针灸、中药、现代康复相结合的综合治疗方法，形成三大类疾病的专科治疗特色：慢性疼痛；神经、骨关节疾病的康复；中医减肥、美容、保健。科室先后有4项科研成果通过省、市级专家鉴定，达国内领先水平。
5、脑病科
孝感市中医医院脑病科，具有一支较强的技术队伍，采用中西医结合的治疗方法和独特的系列制剂治疗中风、高血压、头痛等神经、精神科疾病，疗效显著，深受广大患者好评。尤其是对中风病人的疗效明显优于单一的治疗方法，使中风患者死亡率降低，致残率下降。科室还运用经颅多普勒广泛开展中风高危人群的监测和预防，并收到明显效果。