九江学院附属医院擅长肾内科、神经内科、血液科、胃肠外科、肝胆外科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肾内科
是医院重点学科，承担着医院肾脏病方面的临床、教学和科研任务。在省内较早开展了肾组织活检术和肾囊疗法治疗肾炎及肾病，在肾病的治疗上创出了自己的特色。
2、神经内科
设置了脑血管病、神经介入、神经重症、癫痫、帕金森病等亚专业学组。率先在市内开展了脑血管病治疗领域先进的“颅内碎吸术”和“动脉瘤弹簧圈栓塞术”治疗技术，临床经验丰富。
3、血液科
是九江市医学会血液学分会的主委单位。在各类贫血、出血性疾病、血液系统恶性肿瘤的诊断及治疗方面积累了丰富的经验。尤其对各类贫血的诊治极具专科特色，诊治水平处市内先进水平。
4、胃肠外科
目前科室临床技术水平已处于省内先进水平，擅长各类胃肠道疾病的微创腹腔镜手术治疗。在肿瘤综合治疗、肠内外营养支持、复杂的腹腔感染等方面已形成一套完整的体系，在赣北地区具有较大的知名度和 影响力。
5、肝胆外科
是集临床、教学、科研于一体的专业学科，在九江市肝胆外科医疗科研等方面具有优势地位。率先在市内开展肝癌、肝内胆管结石等行左右半肝切除术、肝囊肿、肝血管瘤切除术，疗效显著，临床经验丰富。
