连云港市第一人民医院擅长的科室有神经内科、血液科、骨科、神经外科、儿内科等。
1、神经内科
连云港市第一人民医院神经内科，拥有医疗、教学和科研完整的学科体系，是江苏省临床重点专科，连云港市一类重点学科，目前已成为连云港市唯一的国家脑卒中高危人群筛查与防控和国家脑卒中研究中心的核心业务科室。科室成立于1976年，历经40年的发展，现有病床108张，分设2个病区、1个NICU和1个多功能的神经功能科。
2、血液科
连云港市第一人民医院血液科，凭借较高的血液病诊断水平和国内领先的血液病医疗技术，对治疗各种急慢性白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤等血液肿瘤及贫血、出血性疾病，具有丰富的临床经验并取得满意疗效。造血干细胞移植治疗恶性血液病和抗淋巴细胞球蛋白治疗重型再生障碍性贫血等，已使无数患者重获健康，重新点燃生命的希望。
3、骨科
连云港市第一人民医院骨科，配备有国内一流的美国产后路椎间盘镜、德国产关节镜、意大利数字式移动X光机、多功能骨科手术牵引床。常规开展颈椎病、腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄穹顶形减压术、人工关节置换、骨肿瘤及复杂的脊柱、四肢骨折的手术治疗。微创骨科的椎间盘镜和关节镜手术已开展了数千例，处于省内领先水平。开展高难度的手术有寰枢椎脱位Magerl手术、保留终板的颈椎前路减压Cage内固定、颈椎椎体次全切除钛网植骨钢板内固定等。
4、神经外科
连云港市第一人民医院神经外科，可开展颅内动脉瘤夹闭术、脑血管病介入手术、显微外科手术治疗颅内病变、脑干肿瘤手术等。科室在颅底肿瘤显微外科手术、颅内动脉瘤夹闭术、重型颅脑损伤抢救成功率方面在省内处于先进水平。目前科室拥有三个病区，神经外科一病区以规范的NICU和脑血管病为特色，神经外科二病区以神经介入为特色，神经外科三以颅脑损伤和颅脑肿瘤为特色。
5、儿内科
连云港市第一人民医院儿内科，将静脉高营养应用于低出生体重儿的救治；对缺氧缺血性脑病除正规系统治疗外，积极进行早期干预，减少智力低下的发生；对新生儿黄疸实行早期干预和综合治疗，不但救活多例重症黄疸新生儿，还避免了出现红素脑病后遗症。小儿内分泌组为苏北地区最早成立的专业组，对身材矮小、智力低下、性早熟等内分泌遗传疾病的诊断达到省先进水平。将基因工程生长激素用于垂体性侏儒的治疗处于省领先水平。