山东省公共卫生临床中心擅长结核内科、肝病科、感染科、心外科、呼吸与危重症医学科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、结核内科
是省医药卫生重点学科，设有儿童结核病、老年结核病、肺外结核、神经系统结核病等特色科室，能够为结核病患者提供规范、合理、全程的治疗，从而提高我国结核病患者的治疗成功率，为提高结核病规范化诊疗做出贡献。
2、肝病科
是山东省医药卫生重点专业、山东省医药卫生特色专业，业务范围覆盖各型病毒性肝炎、药物性肝损伤、自身免疫性肝炎等，医务人员有着丰富的临床经验，尤其对于危重症肝病以及疑难肝病的诊疗居全国领先。
3、感染科
是山东省感染病质量控制中心、山东省医药卫生重点专业，主要承担除结核病以外的艾滋病、梅毒、流行性出血热、手足口病、流行性脑脊髓膜炎等三十多种法定传染病的诊治，以及各种新发、突发传染病的临床救治。
4、心外科
科室常规开展常见先心病、瓣膜病、冠心病、心包疾病的手术治疗，其中主动脉疾病的治疗及婴幼儿先天性心脏病的治疗方面走在省内的前列。同时冠心病的治疗是科室的特色之一，对于急、重症冠心病人的外科治疗水平领先全省。
5、呼吸与危重症医学科
是集医疗、教学、科研、康复为一体的省级重点临床专科，拥有一支技术力量雄厚、技术精湛、服务一流的医疗团队，全面开展呼吸系统疾病的诊治，其中呼吸血管介入治疗手术数量及技术水平在省内遥遥领先，为国内最有影响力的呼吸血管介入单位之一。
