西安交通大学第二附属医院擅长变态反应科、骨科、精神科、康复医学科、泌尿外科相关疾病的诊治，学科技术力量雄厚，医疗特色突出，拥有高超的诊疗水平。
1、变态反应科
为国家临床重点专科、国家临床药理基地、国家呼吸临床研究中心核心单位。科室技术力量雄厚，人才梯队合理，专业方向明确，其中哮喘及变态反应疾病亚专业已形成富有特色的研究方向。
2、骨科
为国家临床重点专科、陕西省首批医学重点学科。科室在西北地区最早进行人工关节置换术，独创性地开展了大骨节病关节功能重建与修复，在臀肌挛缩症的治疗及上颈椎畸形手术、脊柱畸形矫正手术水平在国内领先，手术例数及难度位居西北地区领先。
3、精神科
是儿童行为及心理发育障碍、医学心理咨询、医学心理治疗和精神疾病诊治中心。拥有较为全面的心理行为测查工具，可开展各类医学心理测试。在儿童青少年精神行为疾病的临床评估及诊治，儿童青少年心理行为的保健干预方面具有学科特色。
4、康复医学科
学科集临床、科研、康复、教学于一体，科室医疗设备先进、治疗手段齐全、技术力量雄厚，学科的总体综合实力达到省内领先和国内先进水平。在神经系统常见病、多发病如各种原因的头晕、头痛、脑血管疾病老年性痴呆以及神经科各种急危重症和疑难杂症的诊断与治疗方面经验丰富、方法独特。
5、泌尿外科
为集医、教、研于一体的国内知名、西北领先的泌尿外科中心，是国家重点学科、陕西省临床重点专科。在泌尿男生殖系统肿瘤、结石，肾上腺疾病等领域的基础研究和临床诊疗技术方面居全国先进水平。特别是腔内和微创技术的研究、应用和推广，代表了国内先进水平。
