上海长征医院南京分院擅长神经内科、手外科、肾内科、肝病科、口腔科。上述科室具有先进的治疗水平，能够为患者提供可靠的诊疗基础和保障。
1、神经内科
科室医务人员临床经验丰富，对诊治急、慢性脑血管病变以及癫痫、帕金森病、阿尔兹海默病等各种神经系统疾病有丰富的临床经验，治疗手段多样化，能够为患者提供优质的医疗服务。
2、手外科
科室在各种断肢、断指（趾）再植、再造和复杂显微外科矫形等高难度手术方面处于南京市领先水平，能够根据患者具体情况制定个性化的治疗方案，从而达到较好的治疗效果。
3、肾内科
科室常规开展急、慢性肾功能衰竭（尿毒症），以及慢性充血性心衰终末期等多种治疗项目，尤其是动静脉瘘置管、复杂瘘重建修补术等技术水平在省、市同行业中名列前茅，受到患者好评。
4、肝病科
科室医疗设备齐全，拥有国际先进的“人工肝”设备和微波刀治疗系统，在重型肝炎的抢救和难治性肝炎治疗以及肝癌的综合治疗方面达到国内先进水平。
5、口腔科
科室拥有多名来自第四军医大学的口腔专家，在口内、口外、矫形、颌面外科等各种常见病和疑难杂症诊治方面具有很高的水平，经过积极治疗后均有不错的恢复效果。