北大荒集团总医院擅长感染科、肝胆胰(微创)外科、康复中心、肾内科、胸外科等。
1、感染科
北大荒集团总医院感染科成立于1970年1月，1983年组建了布鲁氏菌病(布病)专科病房，是目前布病专科病房，逐渐成为布病的诊断治疗权威的特色医疗专科。自组建以来，共收治来自本省及宁夏、内蒙、广西、安徽、浙江、河南、吉林等各省、市、自治区的急、慢性布病患者数万例。多次参加全国性布病专题学术会议及工作会议，参与国家职业性传染病诊断标准的制定以及国家布病诊疗指南的制定。
2、肝胆胰(微创)外科
北大荒集团总医院肝胆胰(微创)外科医务人员临床经验丰富，科室医疗设备齐全，常规诊疗范围包括胆囊结石微创保胆取石术、胆道结石微创治疗、肝脏肿瘤低温冷冻消融、微创疝修补术、微创阑尾切除术等，创伤小，恢复快，疗效显著。
3、康复中心
北大荒集团总医院康复中心对脑卒中后肢体障碍方面有独到“动态评估方法”及“中枢整合24小时康复管理治疗技术”。率先采取有中国康复医生张虔教授创新使用的现代康复技术；率先开展球囊扩张术治疗难治性环咽肌失迟缓的吞咽障碍，并取得良好的疗效。还是省内较早开展以颅脑损伤为主的儿童康复中心，承担农垦地区残联脑瘫儿童救助康复，是黑龙江省农垦残联指定肢体残疾儿童康复基地。
4、肾内科
北大荒集团总医院肾内科是以肾内科和血液净化于一体的特色专科，科室拥有先进的医疗设备，运用现代医学之优势，结合传统中医联合治疗各种原发性肾小球疾病、继发性肾小球疾病、肾小管间质性疾病等肾脏疾病，积累了丰富的肾脏病急、危、重症抢救经验。
5、胸外科
北大荒集团总医院胸外科是以治疗普胸外科疾病为主的专业科室，胸腔镜支气管成型术、食管癌微创手术、单孔肺叶、肺段、亚段切除术已达国内领先水平。近年，将循证医学的理论和方法推展到肿瘤治疗学领域，从单纯注重实际经验到逐步注重科学证据，不断改变科室的治病方略，在无病生存期、5年生存率方面已达国内先进水平。
