温州康宁医院擅长临床心理科、行为医学科、儿童青少年心理科、普通精神科、妇女精神医学科。上述科室具有先进的治疗水平，能够为患者提供可靠的诊疗基础和保障。
1、临床心理科
是院内重点学科，该学科集科研、防治等多项功能于一身，设置神经症门诊、睡眠障碍门诊和心理测试室，疗效显著，能够为患者提供优质的医疗服务。
2、行为医学科
科室整合国内外先进的治疗方法，运用“生物、心理、社会”三位一体综合治疗模式，为酒精、药物成瘾患者提供专业、全程、高层次的技术服务，其中对重度戒断综合征（震颤谵妄）的缓解率达到当地先进水平。
3、儿童青少年心理科
科室拥有专业的医生队伍和资深的心理治疗师团队，在传统生物学治疗的基础上强调“机构心理治疗”和人文关怀，能够为多动症、学习困难、抽动症、情绪障碍患者提供个体化、高质量的综合性治疗。
4、普通精神科
是国家临床重点学科，科室集医疗、教学、科研、防治、康复为一体，拥有一支经验丰富、实力雄厚的专业技术队伍，主要收治精神分裂症、情感性障碍、妄想性障碍、 分裂情感性障碍、精神发育迟缓等疾病。
5、妇女精神医学科
科室人员临床经验丰富，在温州地区率先引进团体心理治疗、动机访谈治疗应用于围术期精神障碍、经前期综合障碍、代谢综合障碍患者，收到满意的效果，达到省内领先水平。