北京妇科内分泌医院排行靠前的是北京协和医院、北京大学人民医院、首都医科大学北京妇产医院。
北京协和医院国家级重点学科，林巧稚妇产科研究中心依托科室，医教研全维度实力顶尖且行业引领性强。北京大学人民医院林巧稚教授创建的老牌名科，教育部重点学科，妇科肿瘤、盆底疾病诊疗达国际先进水平。首都医科大学北京妇产医院中国首个妇科内分泌专科，卵巢组织冻存移植技术国际领先。
1.北京协和医院 妇科
隶属于妇产科，是国家卫生部命名的林巧稚妇产科研究中心、国家级重点学科，全国妇产科疑难重症诊治中心，集医疗、教学、科研于一体，学科综合实力居国内首位。诊疗上，产科擅长高危妊娠与产前诊断，建立国内首个产前诊断实验室；妇科肿瘤牵头制定全国诊治规范，创新微创手术与保留生育功能治疗；
普通妇科提出宫颈病变诊断“三阶梯”模式，深耕子宫内膜异位症与盆底疾病；妇科内分泌的辅助生育技术妊娠率稳步提升，计划生育微创技术应用广泛。作为国家级继续教育基地，拥有妇产科学国家级精品课程，年度华润会议成为行业品牌，每年培养大批进修医生与学科骨干，承担国家“十五科技攻关”等多项科研项目，是妇产科人才培养与技术推广的核心平台。
2.北京大学人民医院 妇科
北京大学人民医院妇科由林巧稚教授创建，教育部重点学科、国家卫计委临床重点专科，以妇科肿瘤、盆底疾病、微创手术为核心特色，诊疗水平达国际先进。在全国临床学科评比中位居第二。妇科肿瘤方面，卵巢癌早诊模型建立、多学科联合手术，宫颈癌个体化微创治疗，子宫内膜癌“夹心治疗模式”均为国内领先；
盆底疾病创立多学科诊疗模式，微创手术与康复治疗获部级科技成果二等奖，受欧洲专家认可。微创手术占比达80%，宫腔镜、腹腔镜技术应用广泛，超声诊断为科室核心辅助手段。
3.首都医科大学北京妇产医院 内分泌科
是中国首个妇科内分泌专科，由阮祥燕团队领衔，为全球规模最大的妇科内分泌专科，卵巢组织冻存移植技术国际领先。科室建立中国首个卵巢组织冻存库，完成国内首例卵巢组织冻存移植及首例移植后自然妊娠，移植成功率100%，牵头制定中国首部《卵巢组织冻存与移植》指南，相关技术成为临床常规并获国家发明专利。
作为中国第一个“绝经门诊项目中心”、国家级更年期保健特色专科建设单位，在早发性卵巢功能不全、绝经相关疾病诊疗上为全国典范。团队拥有11位外国高端A类人才，2位获中国政府友谊奖。
4.北京大学第三医院 妇科
北京大学第三医院妇科在张丽珠等前辈引领下发展为综合型妇产科强科，辅助生育与生殖内分泌领域达国际先进水平，多亚专科诊疗国内领先。在辅助生育、妇科恶性肿瘤、高危妊娠、围绝经期疾病及计划生育等领域均有深厚积淀，科研上斩获国家、部委和北京市科技进步奖多项。
在国内外核心期刊发表论文数百篇，教学上多名教师获北京市优秀教师称号，医教研协同发展，成为北方地区妇产科重要诊疗与研究基地。
5.中国人民解放军总医院 妇产科医学部
整合妇科、产科、生殖医学科3大亚专科及6个派驻科室，高职专家80名，综合诊疗实力强劲，多领域达国内领先。妇科擅长机器人、腹腔镜等微创手术治疗良恶性肿瘤，在子宫内膜异位症、盆底功能障碍性疾病研究与治疗上成果显著；产科聚焦宫内转运、早产、高危妊娠管理，危重孕产妇救治经验丰富，获军队医疗成果一等奖；
生殖医学科开展人工授精、试管婴儿、植入前胚胎诊断等全项技术，相关研究获军队科学技术进步奖一等奖。学科获国家科技进步二等奖2项，军队及省部级成果奖多项，是国家教委博士学位授予点、同时承担军队妇幼保健与医疗保障核心任务。
