湖南省中医药研究院附属医院擅长脾胃肝病科，乳腺、头颈、肺部肿瘤科，脑病科，心血管科，老年病内分泌科，这些科室均具备专业的医疗技术和诊疗能力，能够为广大患者提供优质的医疗服务。
1、脾胃肝病科
为省重点专科、国家肝病新药临床试验基地，在医疗、教学、科研及人才梯队建设等方面均具有较强实力的学科，设有消化门诊、消化病房、抢救室等工作单元，有较强的中西医结合治疗消化系统疾病及肝病的水平，诊疗水平在湖南省同类学科中处于较高的地位。
2、乳腺、头颈、肺部肿瘤科
为国家卫生部临床重点专科建设单位、国家中医药管理局肝病临床研究基地、国家中医药管理局中医肿瘤重点专科。该科室突出以中医为主、中西医结合防治恶性肿瘤的特色和优势，并且研发了肝复乐片、肝喜合剂、肝喜片、癌复康等系列有效方药。
3、脑病科
为卫计委国家中医临床重点专科、国家中医药管理局重点专科，是国家中医药管理局中西结合临床心脑血管病重点学科。同时也是卫计委脑病药品临床研究基地。科室以中风病、眩晕、失眠、痴呆、麻木、头痛等为主要研究方向，先后研制的益肾止晕颗粒、健脑活络膏、健脑通络胶囊、养心安神片等特色科室制剂，应用广泛。
4、心血管科
为国家中医药管理局中西医结合重点学科、重点专科，湖南省高血压重点中医专科。长期开展疗效显著的中医特色非药物疗法，被中华中医药学会授予“全国中医特色护理优秀科室”称号。心血管科在国内中医院中率先开展“温灸脊疗法”、“话疗”、“培元疗法”等创新项目或较早的治疗方法。
5、老年病内分泌科
是国家卫生部重点中医临床专科、国家重点学科、国家中医药管理局“十二五”重点专科。专科学术带头人刘祖贻国医大师是我国著名的中医内科和老年病专家，该科提出“虚瘀毒致消”的理论，创制了滋膵通脉饮、养阴降糖膏等有效方药，形成了针药同用、内外并治、多靶点治疗老年糖尿病的特色疗法。