云南省精神卫生中心擅长的科室有老年病科、精神康复科、女性精神医学科、儿童青少年科、中西医结合科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、老年病科
云南省精神卫生中心老年病科为昆明市重点学科，下辖昆明市老年精神障碍诊疗技术中心。目前是云南省诊疗老年期各类精神疾病规模最大，技术水平最全面的科室，同时对所有老年期相关疾病进行诊治（包括老年期缓和医疗）。擅长老年精神障碍特色诊疗技术，同时运用神经心理学技术、分子生物学检测技术及心理咨询、治疗技术等多种治疗方法提供全方位服务，充分体现了生物-心理-社会的现代三维治疗理念。
2、精神康复科
云南省精神卫生中心精神康复科为昆明市第六周期重点学科，连续5届被评为昆明市重点学科，是昆明市卫健委评出的《昆明市严重精神障碍技术诊疗中心》，是云南省及昆明市精神康复医学的领军科室。做到了医疗、科研、教学为一体，多方面齐头并进，为精神科学科建设添砖加瓦，贡献自己的力量。尤其在抑郁症、躁狂症、双向障碍，恶劣心境环形障碍、精神分裂症、偏执型精神障碍、短暂性精神障碍等方面具有显著优势。
3、女性精神医学科
云南省精神卫生中心女性精神医学科是云南省省级精神障碍重点专科，昆明市围产期精神障碍诊疗技术中心，是专业的女性精神障碍诊疗中心，集临床、科研、教学、院内康复为一体，为医院重点科室。科室为封闭管理模式，已逐渐成为技术一流、科研领先、教学规范、管理人文化、服务人文化、为人民群众所信赖的现代化女性精神障碍患者的专科诊治病房。
4、儿童青少年科
云南省精神卫生中心儿童青少年科是云南省唯一一家为儿童青少年精神及心理疾病服务的专门机构，对儿童青少年心理障碍及精神疾病的诊断、治疗有丰富的临床经验，科室是昆明市第五周期重点专科，是昆明市“十百千”内设研究机构—昆明市儿童青少年心理健康研究中心，昆明市残联0-7岁残疾儿童抢救性康复机构，是昆明市残联孤独症诊断定点机构、康复训练合作机构。
5、中西医结合科
云南省精神卫生中心中西医结合科是我国西部地区最大的精神疾病中西医结合治疗专科，是昆明市收治成人精神心理障碍的主要科室之一，科室传承创新出互联网全程流程服务、中美技术融合与中西医结合三大精神科特色，全方位为患者服务，专业发展前景广扩。该科与美国、加拿大、北京、上海、长沙等发达国家和地区的先进精神卫生机构有着长期的合作和交流，临床技术水平位居国内前列。