南京眼科医院排名比较靠前的是南京医科大学眼科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
南京医科大学眼科医院眼科以专病专治为核心，在江苏省率先开展多项特色诊疗且处于领先地位，能全面诊治各类眼科疑难杂症。南京医科大学第一附属医院眼科是省市级重点学科，亚专科齐全，科研实力强劲，作为区域性眼科中心，接收全省乃至全国疑难患者。南京鼓楼医院眼科技术底蕴深厚，率先开展多项眼科关键技术，学科带头人实力突出，诊疗与教学水平俱佳。
1.南京医科大学眼科医院 眼科
南京医科大学眼科医院眼科推行专家专病、专病专治模式，在江苏省率先开展多项特色诊疗且处于领先地位。配备各类先进诊疗设备，擅长准分子激光近视治疗、白内障超声乳化人工晶体植入、青光眼诊治等，能开展视网膜玻璃体、角膜病、斜视弱视等各类眼科疑难病诊治及高精尖手术。在泪道疾病、医学验光配镜等方面经验丰富，还能开展高水平眼眶肿瘤、眼整形手术，全面覆盖眼科常见病、多发病及疑难杂症的规范化诊疗。
2.南京医科大学第一附属医院 眼科
南京医科大学第一附属医院眼科是眼科学博硕士学位授予点，拥有江苏省“十二五”科教兴卫工程重点学科、省临床重点专科等多重头衔，还是省眼科医疗质量控制中心、省眼库等。设置9个亚专科，配备先进诊疗设备，率先开展白内障日间一站式诊疗，提升诊疗效率。作为省内复杂视网膜疾病手术治疗中心，眼底病手术量突出，科研实力强劲，承担多项国家级省级课题，荣获多项科研奖项，是辐射全省的区域性眼科中心。
3.南京鼓楼医院 眼科
南京鼓楼医院眼科技术实力雄厚，在国内率先开展放射状角膜切开治疗近视、小切口手法碎核白内障摘除等技术，多次参与国际国内学术交流。配备全套先进检查治疗设备，承担多所高校教学任务，是博硕士培养点和国家眼科住院医师规范化培训基地。学科带头人解正高教授学术造诣深厚，拥有多项学术头衔，擅长玻璃体视网膜显微手术、严重眼外伤救治等，常规开展各类眼科高难度手术，诊疗水平先进。
4.东南大学附属中大医院 眼科
东南大学附属中大医院眼科是眼科学硕士学位授予点，集临床教学科研于一体。在弱视斜视诊治方面优势显著，是我省最大的弱视斜视治疗点，治疗水平接近国内领先，相关技术获多项省级奖项。擅长玻璃体切割、白内障超声乳化等手术，常年参与国家防盲工作，2002年因防盲工作突出，被国务院等七部委授予先进集体称号，临床与科研工作同步推进。
5.东部战区总医院 眼科
东部战区总医院眼科发展成为省内领先的现代化眼科中心，设备先进齐全。在全国较早开展角膜移植手术，率先开展眼底荧光造影技术，是全省首家开展白内障超声乳化手术的科室，水平居全国一流，70年代研制出国内最早的玻璃体切割机。广泛开展复杂玻璃体视网膜手术、准分子激光近视治疗等，注重国际学术交流，承担南京大学医学院教学任务，是眼科学硕士点，临床、教学、科研协同发展。
