南京明基医院擅长肾内科、耳鼻咽喉头颈外科、胰腺科、骨科、神经外科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、肾内科
是南京市重点专科，科室人才梯队完备，技术力量雄厚，能够开展疑难复杂内瘘建立、人工血管动静脉内瘘建立、肾活检及肾脏病理等特色技术，取得了显著疗效。
2、耳鼻咽喉头颈外科
科室以精细化治疗为特色，能够开展显微中耳手术、电子耳蜗植入术、鼻颅底外科手术、环杓关节复位术等操作，是医院特色科室，诊疗效果受到患者好评。
3、胰腺科
目前是江苏省第二大胰腺中心，中心汇集了国内最大的“一站式实时全程多学科胰腺疾病团队”，集医、教、研一体，构建了国内一流的胰腺疾病诊治平台，为广大胰腺疾病患者提供“一站式”高品质医疗服务。
4、骨科
是南京市临床重点专科，也是院内重点发展科室，拥有一支临床、教学与科研经验丰富的两岸医疗团队，擅长各种复杂手足外伤治疗，以及骨折微创手术、关节镜治疗软骨损伤等。
5、神经外科
科室医务人员临床经验丰富，同时拥有较先进的手术设备，包括手术显微镜、神经内镜、开颅动力系统等，为患者提供优质的服务和良好治疗结果创造了必要的基础。
