郑州大学第三附属医院擅长妇科、产科、小儿内科、小儿外科、新生儿科等。
1、妇科
郑州大学第三附属医院妇科是妇产科领域中极其重要的一门学科，也是河南省双重点学科，无论在医疗、教学和科研方面都居于全省的领先地位，是全省各地妇科疾病就诊的医疗中心，是各地妇产科医师进修及研究生培养、教育和科研基地。
2、产科
郑州大学第三附属医院产科是河南省唯一的省级三级甲等妇幼保健院，产科是集保健、医疗、教学、科研和培训为一体的妇幼保健专科，是省卫生计生委和教育厅的双重点学科，博士及硕士学位授予点，承担着国家及省卫生计生委多个妇幼保健项目及郑州大学本科、硕士、博士研究生的妇产科学教学工作，是联合国儿童基金会指定的我国大陆七大培训基地之一。
3、小儿内科
郑州大学第三附属医院小儿内科是河南省教育厅和卫生厅双重点学科，是临床医学硕士学位、博士学位授权点，是河南省规模最大、专业设置最为齐全的省级儿科医疗、教学、培训和科研单位，承担着郑州大学本科生、硕士研究生、博士研究生、留学生的儿科学教学任务和儿科进修医师的培养任务，为全省儿科医学事业的发展和儿童健康做出了突出贡献。拥有河南省卫生厅批准成立的四个中心和一个新生儿脑损伤重点实验室。
4、小儿外科
郑州大学第三附属医院小儿外科专业较为齐全、特色较为突出，并被原省卫生厅批准为河南省临床重点专科。目前，科室设置新生儿外科、小儿普外科、小儿肿瘤外科三个亚专业，并开展了小儿外科黄疸、便秘、疝气、小儿实体肿瘤、消化道畸形等专科门诊。人才济济，技术力量雄厚，具有丰富的临床经验。
5、新生儿科
郑州大学第三附属医院新生儿科是国家级新生儿保健特色专科、河南省临床医学重点学科等。积极开展新生儿早期基本保健、早产儿链式管理、序贯呼吸支持治疗、NO吸入治疗、亚低温治疗、腹膜透析技术、部分换血技术、早产儿发育支持护理、家庭参与式护理、中心静脉置管术、吞咽功能评估与干预、新生儿黄疸远程随访等先进救治和保健技术，危重新生儿尤其是早产儿的救治能力居国内先进水平。