上海比较好儿童医院排名第一的是复旦大学附属儿科医院，该医院是全国儿科学重点学科、国家“211”、“985”和“双一流”工程建设单位，儿科位列复旦版专科榜第一名，荣获过上海市文明单位、全国文明单位称号。另外，上海比较好的儿童医院还有上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心和上海交通大学医学院附属新华医院小儿内科，分别位列复旦版专科榜第5和第7。
第一名：复旦大学附属儿科医院
复旦大学附属儿科医院是集医、教、研、防、管为一体的综合性儿童专科医院，是全国儿科学重点学科、国家“211”、“985”和“双一流”工程建设单位。在中国医学科学院发布的中国医院科技量值排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜，医院儿科学均位居前列。荣获上海市文明单位、全国文明单位称号。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第47。
第二名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心，拥有6个国家重点学科、国家临床重点专科，设有家卫健委儿童血液肿瘤重点实验室、上海市临床分子诊断重点实验室、上海市罕见病临床研究中心、上海市小儿心血管病研究所等一批省部级重点实验室、研究所及上海交通大学儿童医学中心儿科临床医学院。同时，医院与十多个国家的三十多个国际顶尖医疗机构建立了姐妹合作关系。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第71，儿科位列复旦版专科榜第5名。
第三名：上海交通大学医学院附属新华医院-小儿内科
上海交通大学医学院附属新华医院小儿内科学科门类齐全，医、教、研各方面成绩斐然，是国家重点建设学科和上海市重点学科，位列复旦版专科榜第7名。科室在国内率先建立了三级亚专业，现有包括呼吸、神经、急救、肾脏、血液、风湿免疫、消化和感染等临床专业学科。作为在全国最早建立ICU病房的儿科单位，配备了全套中央监护系统和进口新型呼吸机、床旁血气监测仪、24小时脑电监测仪和CRRT等重危病人抢救设施，重危病人抢救成功率在95%以上。
第四名：上海市儿童医院
上海市儿童医院，是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院，是我国第一家专科儿童医院。在我国最早开展了苯丙酮尿症、血友病、DMD等罕见遗传病的基因诊断和产前诊断工作。作为国家首批运用高通量测序技术开展遗传病诊断的试点单位之一，上海市儿童医院在儿童遗传病的基因检测领域居国内领先地位。
第五名：上海交通大学医学院附属仁济医院-儿科
上海交通大学医学院附属仁济医院儿科医务人员临床经验丰富，涉及领域由原先单一的感染性疾病，先后扩展至儿童保健、血液、肾脏、心血管、消化、中西医结合、风湿免疫、变态反应疾病等不同亚专业。目前仁济儿科形成以儿童风湿和过敏为诊疗特色。
第六名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-儿科
上海交通大学附属第九人民医院儿科是集医疗、教学和科研为一体的儿科综合性科室，在临床医疗、学科建设、科学研究及人才培养等方面取得了飞速发展和进步，积累了丰富的临床经验，拥有先进的医疗设备和雄厚的技术人才力量。
第七名：上海市第六人民医院-儿科
上海市第六人民医院儿科是为儿童提供全天候服务的三级甲等医院综合性科室，拥有完善的医疗服务质量和就医环境，为广大患儿的康复提供了强有力的保证，在儿科癫痫的诊断及治疗、儿科高热惊厥的防治、儿科心理行为的诊断及治疗等方面积累了丰富的经验。
第八名：上海长海医院-儿科
上海长海医院儿科属三级甲等综合性医院的专业科室集科研、临床和教学于一体，在儿科界已赢得了自己的一席之地，建立起了许多儿科疾病的诊疗特色，在医、教、研等方面取得了长足的进步，组成了一支技术过硬的专业团队，在全国具有较高的学术地位。
第九名：上海市第一人民医院-儿科
上海市第一人民医院儿科是医院特色重点学科，由著名儿科专家陈鸿达教授创建，是国内最早的儿科专业的临床、科研和培训基地之一，曾享誉海内外，有着悠久的历史与优良的文化传承。科室现有一支结构合理的医疗人才梯队，致力于过敏性疾病、矮小症、性早熟、肥胖等内分泌疾病的早期干预。