邳州市中医院擅长重症医学科、脑病科、心血管病科、儿科、肺病科等。
1、重症医学科
邳州市中医院重症医学科是医院重点科室之一，承担着全院危重症病人的临床诊治和抢救的任务。现在主要收治各种类型休克病人、心肺复苏后、急慢性呼吸衰竭、急性呼吸窘迫综合征、急性大面积肺栓塞、重症哮喘、重症神经如重型颅脑损伤、大面积脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血、产后大出血、重症胰腺炎、多脏器功能不全综合征，各种中毒、中暑，多发伤、复合伤以及各种复杂大型手术后需要监测等。
2、脑病科
邳州市中医院脑病科成立于2012年，为徐州市中医脑病重点专科、徐州医科大学卒中中心联盟单位、中国脑防委县级卒中中心。为邳州市规模最大、环境最好集临床教学和科研为一体的脑病专科。临床开展脑血管病（脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血）、眩晕病、癫痫、帕金森病、中枢神经系统感染性疾病、神经脱髓鞘疾病，认知障碍性疾病（痴呆）、重症肌无力、周围性神经病变等的治疗。
3、心血管病科
邳州市中医院心血管病科为徐州市中医重点专科，国家中医区域诊疗中心冠心病临床研究联盟首批成员科室，国家心血管病中心高血压专病医联体邳州市分中心，江苏省房颤中心联盟培育中心成员科室，徐州市胸痛中心联盟成员科室。心血管病科非常重视急危重症病人的抢救工作，积极培养冠脉介入人才，是徐州地区县级中医院最先开展冠脉介入治疗的科室。
4、儿科
邳州市中医院儿科成立于1976年，2000年被评为徐州市首批中医重点临床专科，2007年申报国中局农村医疗机构中医特色优势重点专科并成功立项，2012年确立为省中医重点专科建设单位，2016年通过江苏省中医重点专科验收。科室中医文化氛围浓厚，在中医理论指导下，突出中医药特色，充分发挥中医药优势，继承、创新和发展中医特色诊疗技术，不断提高中医儿科临床诊疗水平。
5、肺病科
邳州市中医院肺病科2016年批准为徐州市中医重点专科，人才结构合理，突出中医特色。在肺病诊治尤其是中西医结合诊治慢性阻塞性肺病、急慢性支气管炎、肺纤维化、哮喘持续状态、肺癌、急慢性呼吸衰竭、肺源性心脏病等肺病科疑难杂症方面颇有建树，制定了行之有效的协定方，创制了止嗽合剂、喘宁合剂等肺科优秀制剂，为广大肺病患者带来了福音，深受苏北地区尤其是邳州市广大肺病患者的青睐。