广州市番禺中心医院擅长内分泌科、呼吸内科、消化内科、感染科、骨科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、内分泌科
是该区独立建科较早的学科之一，科室技术力量雄厚，是集医疗、预防、科研于一体的现代化科室，是全区内分泌急危重疾病医疗技术和抢救的中心。对成人及儿童糖尿病、痛风、肥胖症、侏儒症、骨质疏松症、垂体及肾上腺等疾病的诊治有丰富的临床经验。
2、呼吸内科
是省内、区内具有影响力的，集医疗、教学、科研为一体的，规模大、专业素质高的临床科室。以诊断和治疗呼吸系统疾病为主，如慢性阻塞性肺疾病、急慢性呼吸衰竭、肺炎、胸膜炎、支气管哮喘、支气管扩张、肺栓塞、肺间质病变、气胸、各类呼吸系统肿瘤及各种呼吸系统疑难病症等。
3、消化内科
是番禺区住院医师规范化培训基地。主要收治消化道及肝胆胰疾病患者，近年来消化道大出血、急性中毒、急性重症胰腺炎、肝硬化及各种严重并发症如顽固性腹水、肝性脑病、自发性细菌性腹膜炎等急危重症的抢救成功率达95%以上。
4、感染科
是番禺区政府制定唯一收治传染性疾病的科室，承担番禺区全部普通传染性疾病及突发性传染性疾病的收治任务，是番禺区传染性疾病防治科知识培训基地。主要收治肝炎肝病、结核性疾病、结核咯血、结核性脑膜脑炎等感染性疾病。
5、骨科
是集医、教、研全面发展的科室。其四肢复杂骨折、手足创伤治疗、创面修复专业已达到三级甲等医院专科治疗水平。在四肢复杂创伤修复、手足外伤的一期急救及二期功能重建、褥疮修复、糖尿病足治疗及疤痕整形等方面的研究处省内领先水平。