合肥市第二人民医院擅长泌尿外科、普外科、急救医学中心、骨科、耳鼻咽喉科等。
1、泌尿外科
是安徽省临床重点专科、合肥市第五、六周期医学重点专科，先后获批合肥市男科学临床研究中心、合肥市盆底尿控疾病临床研究中心，是安徽省医学（泌尿外科）质控中心常委单位，同时也是合肥市医学（泌尿外科）质控中心主任单位。还是国家药物临床试验（GCP）泌尿外科基地；先后获批安徽医科大学博士研究生培养点，在已公布的2021年中国医院科技量值榜单中，泌尿外科团队闯入全国百强，科研立项及学术成果在省内同级同类学科中处于领先水平。
2、普外科
是医院重点学科，2008年4月16日成立，是目前合肥市三甲医院中技术力量最强、治疗效果最好的医院之一。安徽省微创医学会肿瘤微创专业委员会副主任委员单位；安徽省全科医学会甲状腺乳腺学组常委单位；安徽省抗癌协会甲状腺乳腺委员会委员单位；安徽省抗癌协会首届微创专业委员单位；安徽省医学会外科分会内分泌肿瘤外科学组委员单位。
3、急救医学中心
拥有六个指挥型院前急救分站，是全市规模最大，建制最全的急诊科。目前就诊患者量10万人次/年。学科成为合肥市二院第五周期院级重点培育专科，国家住院医师规范化培训基地，安徽省唯一国家级“中国心肺复苏培训中心”。
4、骨科
是合肥市第三周期医学特色专科，合肥市第四、五周期医学重点培育学科，合肥市第六周期医学重点专科，是国家药物临床试验基地和国家住院医师规范化培训基地，是合肥市骨科微创治疗名医工作室和安徽医科大学硕士学位授予点。学科现有创伤1和修复重建外科、创伤2和足踝外科、关节和运动医学外科、脊柱外科和骨病骨肿瘤外科四个病区，能够独立开展“三甲医院重点专科”所有必备技术项目。
5、耳鼻咽喉科
成立于1958年，是安徽医科大学，蚌埠医学院硕士学位授予点，合肥市耳鼻咽喉科学会主任委员挂牌单位，安徽省耳鼻咽喉科学会常委单位，国家住院医师规范化培训基地。合肥市第五周期重点培育专科，第六周期重点专科。已逐渐形成耳科学、鼻科学、咽喉头颈科学三个主要的三级学科。特色技术环杓关节的三维构筑及其在手术定位中应用，省内率先开展，填补了省内空白，国内先进。