榆林市第二医院擅长的科室有心血管内科、神经内科、泌尿外科、胸心血管外科等。
1、心血管内科
榆林市第二医院心血管内科，科室配备设备有大型C型臂(平板)、动态心电图、动态血压、运动平板，心电监护仪、除颤仪、临时起搏器、主动脉内球囊反搏（IABP）等仪器。为陕西省心血管内科学会榆林市分会主委单位、陕西省心血管联盟心衰中心单位。在心血管系统常见病、多发病的诊治及急、危重症的抢救治疗中积累了丰富的经验。
2、神经内科
榆林市第二医院神经内科分为一病区和二病区，其中病区目前亚专业有：脑血管病专业诊疗组、睡眠医学中心、眩晕诊疗中心、帕金森病及运动障碍疾病诊疗组、头痛医学组。主要开展业务有：脑血管病；脑血管病的介入治疗；开展睡眠医学中心；开展眩晕诊疗中心；帕金森病、阿尔茨海默病、痴呆、认知功能障碍及运动障碍性疾病诊疗；各种类型头痛的诊治。二病区在脑血管病、神经系统感染、癫痫、眩晕、肌肉及神经肌肉接头疾病、神经系统中毒、头痛及睡眠障碍等疾病的诊疗中颇有造诣。
3、泌尿外科
榆林市第二医院泌尿外科，现为省级重点科室。门诊设有普通门诊、专家门诊、以及膀胱镜检查室、尿动力学检查室、体外碎石室、前列腺短波治疗室、门诊手术室等。科室以临床工作为基本立足点，以科研工作为基础出发点，在部分领域处于市级领先水平。
4、胸心血管外科
榆林市第二医院胸心血管外科，门诊设有普通门诊、专家门诊、以及门诊手术室等。收治范围包括普胸外科专业：食管肿瘤、贲门失弛缓症、肺癌、肺良性疾病、纵隔肿瘤及囊肿等；心脏血管外科专业：心脏及大血管刀刺伤，缩窄性心包炎，大动脉真、假性动脉瘤，小儿先天性心脏病，成人风湿性心脏病等；乳腺外科专业：乳腺恶性肿瘤、乳腺良性疾病等。
