海南现代妇女儿童医院擅长产科、妇科、生殖医学科、儿科、妇女保健康复科等。
1、产科
海南现代妇女儿童医院产科是该院重点科室，2018年获批“海南省级临床重点专科”，由经验丰富的医师坐诊，拥有舒适的就诊环境、较先进的医疗设备和比较雄厚的技术力量，现设有产科门诊、糖尿病门诊、产前筛查门诊、二胎门诊、助产士门诊、无痛分娩咨询门诊、遗传咨询门诊等门诊。导入家庭化产护模式，并参照JCI标准制定出个性化的产检、分娩流程，为客户提供从优孕指导、孕期保健、分娩方式甄选到产后康复、塑身的全程服务。
2、妇科
海南现代妇女儿童医院妇科是海南省级临床重点学科，集临床、教学、科研为一体。承担着妇科临床医疗、医学教学、妇女保健、婚前保健及孕前优生健康检查等工作。医资力量比较强，开展各种妇科疾病、妇科生殖道感染（外阴炎、阴道炎、宫颈炎、盆腔炎等）、宫颈疾病、妇女良恶性肿瘤、宫颈上皮内病变等的诊治，以及早期宫颈癌筛查、阴道镜检查及活检、恶性肿瘤术后追踪管理等。
3、生殖医学科
海南现代妇女儿童医院生殖医学科是该院重点建设与发展的学科之一。生殖医学科设有专科门诊，以及取卵室、胚胎培养室、人工授精室等工作区域。以专业的医疗技术和先进的设备为基础，汇集省内外有多年临床经验的医疗专家和实验室人才，主要针对男女不孕不育、生殖内分泌疾病进行诊断和治疗。可开展夫精人工授精术、体外受精-胚胎移植（IVF-ET）技术和卵胞浆内单精子显微注射(ICSI)技术，为患者提供优质的医疗服务。
4、儿科
海南现代妇女儿童医院儿科是该院重点科室之一，2018年获批“海南省级临床重点专科”，拥有较先进的医疗设备及专业团队，对救治呼吸系统疾病、消化系统疾病、中枢神经系统疾病、泌尿系统疾病等有着丰富的临床经验。科室的服务范围主要针对儿科常见病、多发病，如：上呼吸道感染、小儿肺炎、高热惊厥、腹泻病、肾炎、脑炎、癫痫、支气管哮喘、肾病综合征、心肌炎等疾病的救治。
5、妇女保健康复科
海南现代妇女儿童医院妇女保健康复科建立了集筛查、诊断、评估、综合治疗于一体的女性盆底疾病治疗体系，具有较强的硬件技术支持和规范的疾病诊治流程。科室引进先进的诊疗技术，以整体康复为理念，女性盆底功能障碍诊治、产后盆底康复为特色，建立多学科联合的盆底功能康复治疗、耻骨联合分离及腹直肌分离的电刺激治疗、人流术后康复治疗、妇科手术术后的康复治疗等。