重庆市中医院擅长肛肠科、针灸科、肿瘤科、肾内科、皮肤科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肛肠科
重庆市中医院肛肠科始建于建国伊始，数十年来享誉巴渝。经过几代人不断发展，现今的肛肠科集医疗、教学、科研与预防保健为一体，中医特色优势显著。作为巴渝肛肠流派的主要传承者和代表者，在国内具有明显的学科优势。科室现为国家中医药管理局“十二五”重点专科、重庆市中医重点学科、重庆市中医重点专科，建立了名中医工作室、重庆市中医院中西医结合盆底中心、肠镜室等。
2、针灸科
重庆市中医院针灸科创建于上世纪五十年代，是重庆市最早成立的针灸科室。科室经几代针灸人的传承和发展，建设成为国家中医药管理局区域中医（专科）诊疗中心培育单位、国家临床重点专科（中医专业）、国家中医药管理局“十五”、“十一五”、“十二五”重点专科、全国针灸临床研究中心重庆分中心、重庆市中医研究院针灸研究所、重庆市卫生健康委员会中医药“十二五”、“十三五”重点学科。
3、肿瘤科
重庆市中医院肿瘤科为国家中医药管理局“十二五”重点专科，国家卫健委临床重点专科（中医专业），“十三五”重点建设专科，是重庆市中医肿瘤联盟牵头单位。学科坚持创新传承肿瘤中医药诊疗特色，突出规范化诊疗与个体化实施并重，积极创建疑难肿瘤中西医整合多学科诊疗模式，综合应用肿瘤放疗、介入治疗、分子靶向治疗、免疫治疗等精准医学手段，系统开展中医药、中医外治与特色制剂的减毒增效研究，不断提高晚期肿瘤患者生存质量。
4、肾内科
重庆市中医院肾内科是国家中医临床重点专科，第二届国医大师郑新学术思想传承工作室，国家中医药管理局“十一五”“十二五”重点专科，重庆市中医药重点学科，中国中医药肾脏病防治联盟常务理事单位，中国中医血液透析联盟常务理事单位，重庆市中医肾病专科联盟理事长单位，2018、2019、2021年香港艾力比排名最佳研究型专科。
5、皮肤科
重庆市中医院皮肤科成立于1934年，经过几代人的努力，科室已发展成集医疗、科研、教学为一体，以中西医结合防治皮肤病的特色专科。现为国家区域中医诊疗中心、国家临床重点专科、国家中医药管理局重点学科、重庆市中医院皮肤病研究所，重庆市皮肤科医疗质量控制中心，重庆市医学重点学科，重庆市皮肤病临床医学研究中心，重庆市中医重大疑难疾病防治中心，中西医结合诊治皮肤病重庆市重点实验室。
