南京感染内科医院排名比较靠前的是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院。
南京医科大学第一附属医院感染病科是江苏省医学重点学科，疑难感染与重症肝病救治实力全省领先。南京鼓楼医院感染性疾病科是省临床重点专科，脂肪肝与慢乙肝诊疗水平国内知名。东南大学附属中大医院感染性疾病科在慢乙肝耐药管理和疑难发热诊治上特色突出。
1.南京医科大学第一附属医院 感染病科
南京医科大学第一附属医院感染病科是江苏省医学重点学科、临床重点专科，为江苏省最早的传染病博士点和国家级专科培训基地。拥有P2+实验室，开展人工肝、肝穿刺等特色技术，在病毒性肝炎、肝硬化、不明原因发热、多重耐药感染及新发传染病救治上能力突出，复旦排行榜华东前五、江苏第一。近五年发表论文百余篇，获多项省市科技奖，专利转化成果丰富。
2.南京鼓楼医院 感染性疾病科
南京鼓楼医院感染性疾病科是江苏省临床重点专科，为省医学会感染病学分会主委单位，组建南京大学病毒与感染病研究所。是全国脂肪肝规范诊疗中心、慢乙肝临床治愈珠峰计划江苏示范基地，擅长疑难肝病、发热伴血小板减少综合征、耐药菌感染诊治，拥有无创肝纤评估、人工肝等特色技术。主持国自然7项，多篇成果发表于顶级期刊，获省市科技进步奖多项。
3.东南大学附属中大医院 感染性疾病科
东南大学附属中大医院感染性疾病科是东南大学硕士学位授予点，常年开设肝病、发热、肠道专病门诊。在慢乙肝干扰素个体化治疗、多药耐药管理、脂肪肝慢病管理及不明原因发热诊治方面经验丰富，区域影响力较强。参与多次重大疫情处置，获地方疾控表彰，承担国自然及省部级课题，发表多篇SCI及核心期刊论文。
4.南京市第一医院 感染性疾病科
南京市第一医院感染性疾病科是南京市重点专科，建有独立临床微生物实验室，以疑难发热、中枢神经系统感染、真菌感染及耐药菌防治为特色。亚专科设置齐全，承担大量院内外疑难会诊，为南医大硕士点，在研多项省市级课题，诊疗规范、综合救治能力扎实。
5.南京市第二医院 感染病科
南京市第二医院感染病科是省、市重点专科，擅长霍乱、流脑、乙脑、出血热等烈性及各类传染病救治，乙脑、流脑抢救成功率达全国先进。在肠道传染病、发疹性传染病及并发症救治上省内领先，获省卫生厅新技术引进奖多项，承担省市科研课题，年完成百余次院外传染病会诊。
