南京市第一医院擅长心血管内科、神经内科、产科、妇科、心胸血管外科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、心血管内科
是集医、教、研为一体，同时技术力量雄厚、医疗设施先进、治疗水平精湛的特色医疗中心，是国家级医学重点学科、江苏省临床重点专科、卫生部首批冠脉介入培训基地等，其中部分研究在介入治疗领域居于世界领先地位。
2、神经内科
目前已建设成为集科、教、研一体的临床综合发展科室，并成为南京医科大学硕士学位授予学科、博士学位授予点，在全国范围内率先开展静脉溶栓、动脉溶栓等技术，诊治水平居全省领先位置，全面提升了神经系统疾病的诊疗水平。
3、产科
是江苏省临床重点专科建设单位、南京市临床重点专科，科室拥有雄厚的技术力量，临床诊疗内容全面，以早产预防及治疗、妊娠期糖尿病、危急重症救治等为专科特色，积累了丰富的抢救和治疗经验。
4、妇科
是南京市医学重点学科，科室人员经验丰富，是全国较早开展盆底重建手术的科室之一，全年手术量在全省处于领先地位，尤其是对疑难病例、复发患者的接诊以及术后并发症的处理有着较为丰富的诊疗经验。
5、心胸血管外科
是国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、省级临床重点专科，是卫生部批准的首批心脏移植中心和胸腔镜培训基地。科室参与中国冠心病血运重建指南、中国主动脉夹层诊疗规范的制定，冠心病外科领域和微创心血管外科技术水平处于国内领先并达国际先进水平。