南京肛肠科医院排名靠前的是江苏省人民医院结直肠、肛门外科、东部战区总医院普通外科、南京鼓楼医院普通外科等。江苏省人民医院结直肠、肛门外科2022年全国专科综合排名第10名，在肛周疾病诊治方面优势显著。东部战区总医院普通外科获2023年全国专科声誉排名提名，是国家及江苏省重点学科。南京鼓楼医院普通外科为国家重点学科、首批国家临床重点专科，结直肠外科亚专科可开展多种复杂肛肠手术。
1、江苏省人民医院结直肠、肛门外科
该科室2022年全国专科综合排名第10名，是南京地区肛肠专科领域排名靠前的核心科室。科室由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成，熟悉结直肠、肛门外科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗便秘、肛裂、肛瘘、肛门脓肿、肛门狭窄、肛乳头肥大、肛周湿疹、混合痔等方面具有显著优势，诊疗范围覆盖绝大多数肛肠外科常见及疑难病症。
2、东部战区总医院 普通外科
该科室获2023年全国专科声誉排名提名，是国家、江苏省重点学科（实验室），同时为南京大学博士学位授权学科、南方医科大学博士研究生联合招生点、国家博后工作流动站、国家卫生部临床药理基地（营养支持专业）、胃肠外科重点实验室。科室下设肠瘘组、胃肠组、重症监护组等12个专业组，配套设有实验室、营养支持室和资料室；现有医师44名，90％以上为研究生，其中含院士1人、博士导师7名、硕士导师21名，主任医师及教授共18人。科室先后获全国科学大会奖、何梁何利科技进步奖、国家科技进步二等奖等多个国家级、省级奖项，目前承担国家973计划课题、国家自然科学基金等各级科研项目。
3、南京鼓楼医院 普通外科
该科室是国家重点学科、首批国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省消化系统疾病及消化道肿瘤临床医学中心，同时为南京大学、南京医科大学等多所高校博士、硕士学位授予单位及博士后科研流动工作站。科室目前开放床位358张，现有医师89人，其中主任医师22人、副主任医师15人，教授5人、副教授13人；学科带头人丁义涛为国内知名肝胆外科专家、中科院战略先导科技计划首席科学家。科室下设胃肠中心、肝胆胰中心等亚专科，其中结直肠外科可开展低位直肠癌保肛、腹腔镜下低位直肠癌原位人工肛门重建术等复杂术式；近年来共获各级科研课题255项，其中国家级41项，获江苏省科技进步一等奖3项等多个奖项。
4、东南大学附属中大医院 肛肠科
该科室是南京地区以中西医结合为特色的肛肠专科，在周边地区具有较大影响力。科室目前所有医师全部拥有医学硕士或博士学位，部分人员在国家及省市的肛肠学术机构中兼任学术委员、常务委员等职；学科带头人张波为中国中西医结合肛肠学会学术委员、江苏省中西医结合肛肠学会常务委员，长期从事肛肠专业临床、教学和科研工作。科室擅长运用中西医结合方法诊治肛肠常见及疑难疾病，引进PPH术、RPH术、超声多普勒引导下痔上动脉结扎术等微创技术，其术后镇痛技术目前处于国内同行业领先水平，可通过中西药物联合超前镇痛、平衡镇痛等方式实现满意的术后镇痛效果。
5、南京市第一医院 普外科
该科室是江苏省重点专科，南京医科大学博士、硕士研究生培养点，江苏省卫生厅进修医师培训基地，国家级临床药物研究专业科室。科室现有五个病区，开放床位200张，年门诊量12万人次，年平均收治病人8000例，年手术量近6000例；现有医师54人，其中主任医师16人、副主任医师11人，博士17人、硕士21人，博士生导师2名、硕士生导师11名。科室下设结直肠肛门外科亚专科，围绕“微创、无痛、快速康复”打造亚专科特色，可常规开展结直肠肿瘤规范化开放/腹腔镜根治术、低位直肠癌保肛手术、盆底及肛周疾病微创治疗等；2011年起与加拿大多伦多Sunnybrook健康中心建立合作关系，定期选派医生去进修学习。
