南京消化科医院排名靠前的是南京鼓楼医院消化内科、江苏省人民医院消化内科、东南大学附属中大医院消化内科等。南京鼓楼医院消化内科由我国著名消化病专家吴锡琛教授与张志宏教授于1953年创建，是国家临床重点专科，2020年复旦版中国医院消化病专科声誉排行榜位列全国第15名，为江苏省消化领域入围科室。江苏省人民医院消化内科创建于1959年，是卫健委国家重点临床专科、教育部国家重点学科培育点（内科学），2019年中国医科院科技量值全国专科排行第8。东南大学附属中大医院消化内科是江苏省规模最大的省级临床重点专科，内镜诊疗技术力量雄厚，达国内先进水平。
1、南京鼓楼医院 消化内科
该科室由我国著名消化病专家吴锡琛教授与张志宏教授于1953年创建，消化内镜中心为全国成立最早的内镜中心之一，曾创办国内首本消化内镜领域杂志并升格为《中华消化内镜杂志》，现为国家临床重点专科、江苏省消化系统疾病及消化道肿瘤临床医学中心，是中华医学会消化内镜学分会副主任委员单位。科室现有医护人员133名，其中主任医师13人、副主任医师12人，博士生导师4人、硕士生导师18人，编制床位156张；消化内镜中心占地3000平方米，开设29个内镜诊疗室，设ERCP、EUS、早癌ESD等8个特色亚专业组。近年承担国家自然科学基金、江苏省自然科学基金等多个科研项目，获中华医学科技奖二等奖、江苏省科学技术奖二等奖等多个奖项，年培训各类进修医生150余人。
2、江苏省人民医院 消化内科
该科室创建于1959年，是卫健委国家重点临床专科、教育部国家重点学科培育点（内科学）、江苏省医学重点学科，为卫生部消化专科医师培训基地示范点、国家药物和医疗器械临床研究机构认定专业，2019年中国医科院科技量值全国专科排行第8。科室在职医护人员95人，其中主任医师14人、副主任医师10人，博士生导师5人、硕士生导师18人，开放3个病区共111张床位；年完成门诊诊疗20余万人次、住院病人7000余人次，3E内镜治疗近3000人次，疑难危重病人占比15%左右，承担全省消化疑难危重病例转诊救治。设消化道早癌、胆胰疾病等7个亚专科，近年发表SCI收录论文150篇，获国家自然科学基金项目20项，拿过中华医学科技奖三等奖等多个奖项。
3、东南大学附属中大医院消化内科
该科室是江苏省规模最大的省级临床重点专科，现有四个病区，编制床位160张，设两个消化内镜中心，本部面积800平米、江北院区面积400平米，内镜设备国内领先，拥有SpyGlass胆道子镜光纤直视系统、超声内镜、蓝激光内镜系统等先进设备，内镜诊疗技术达国内先进水平。科室现有医务人员117人，其中临床医师49人，教授、主任医师7人，副教授、副主任医师8人，博士13人、硕士19人，留学回国人员7人。作为中国消化内镜学院培训基地，参与国家卫健委消化道早癌早诊试点项目，多次承办省级以上学术会议，累计培训人员近万人次，近年获省三等和市一、二等科技进步奖。
4、东部战区总医院消化内科
该科室创建于1946年，学科创始人为消化界著名前辈陈庭刚副院长，现为南京军区消化病中心，全国临床药理基地及全军临床药理基地，是南京大学医学院硕士、博士研究生招生学科，南京中医药大学联合培养博士研究生学科以及南京总医院博士后流动站消化专业。科室拥有高级职称人员8名，医学博士6名、硕士8名；配置电子胃镜、超声内镜、胶囊内镜、人工肝支持系统等各类消化内科检查治疗设备。内镜下粘膜切除术开展10余年，2007年起开展ESD技术，已使近千名患者免去外科手术痛苦，ERCP、超声内镜及相关内镜治疗均达到国内先进水平，常年在读硕士、博士及博士后研究人员10余人。
5、南京市第一医院 消化内科
该科室建于1960年，是南京医科大学硕士点，江苏省及南京市临床重点专科，为国家消化病临床研究中心早期胃癌筛查研究协同网络协作分中心、幽门螺杆菌规范化诊治门诊全国示范中心。科室现有医师34人，其中主任医师8人、副主任医师10人，博士16人、硕士11人；设2个病区共104张床位，年住院患者近6000人次，年门诊量近11万人次，消化内镜中心每年开展胃肠镜诊治超过40000例。近年承担国家自然科学基金、江苏省重点研发计划专项基金等多个科研项目，获江苏省卫健委新技术引进奖、江苏省医学科技奖等多个奖项，消化科实验室为中国幽门螺杆菌分子医学中心分中心。
