福建医科大学孟超肝胆医院擅长肝胆胰脾外科、中西医结合科、感染科、肿瘤医学中心、重症医学科，这些科室学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、肝胆胰脾外科
是国家临床重点专科建设项目的骨干专业，依托三甲专科医院的学术资源和技术优势，针对福建肝胆胰疾病高发的态势，制定稳定的发展方向，优化技术资源，不断提高医疗服务能力和水平。每年完成的肝胆胰肿瘤手术总例数及手术质量居全省领先、国内前列，达到国内先进水平。
2、中西医结合科
是国家中医药管理局“综合医院中医药工作示范单位”；国家中医药管理局“十一五”、“十二五”、“十三五”中西医结合肝病重点专科；福建省中西医结合肝病重点专科。在急慢性肝炎、肝硬化腹水、肝衰竭、肝癌、药物性肝损伤、脂肪肝、自身免疫性肝病等肝科常见病及疑难病的诊治方面取得了显著成效。
3、感染科
是“十二五”国家中医药管理局中西医结合传染病重点专科，是福建省及福州市临床重点专科、福州市感染性疾病医学中心，拥有一批技术精湛的医护队伍。作为国家级艾滋病医护人员培训基地，是省内唯一集临床、教学、科研、预防于一体的艾滋病专业临床科室，主要收治艾滋病及其相关机会性感染和肿瘤，如肺孢子菌肺炎、肺结核等。
4、肿瘤医学中心
是集医疗、教学、科研为一体的肿瘤综合诊治中心，设有肿瘤科、放疗科，以“规范、精准、整合、创新”的诊疗理念，常规开展消化系统肿瘤、胸部肿瘤、头颈部肿瘤等常见实体肿瘤的综合诊治。特色诊疗包括精准靶向、联合免疫、肿瘤早期筛查等。
5、重症医学科
是以重症肝胆疾病、肝衰竭及严重传染性疾病为诊治核心，涵盖呼吸重症、心血管、急慢性肾竭的综合性重症医学科室。是目前本省肝病、传染病专科中规模最大、设备最先进的ICU。专科在各种病因的疑难重症肝炎、肝硬化、肝衰竭及各种严重并发症如肝性脑病、消化道出血、肝肾综合征、重症感染方面的评估及综合治疗诊断和治疗水平达到国内先进、省内领先水平。
