南通市第三人民医院擅长肝病科、中西医结合肝病科、老年病科、骨科、肾脏内科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、肝病科
为江苏省临床重点专科、南通市临床重点专科及南通市临床医学中心。2008-2020连续三年进入中国医科院科技量值排行榜100强。专科设有非感染性肝病门诊、感染性肝病门诊、普通肝病病房、重症肝病病房、人工肝室以及肝病实验室，是苏中苏北地区规模最大的肝病诊治、教学、科研基地。
2、中西医结合肝病科
是江苏省中医临床重点专科、全国综合医院中医药工作示范单位、南通市中西医结合学会肝病专业委员会主任委员单位。专科主要围绕中医、中西医结合治疗高胆红素血症、抗肝纤维化、中西医结合治疗门静脉高压、门静脉血栓症、脂肪肝、重症肝炎等方面开展临床及实验研究。
3、老年病科
是南通市临床重点专科、国家老年疾病临床医学研究中心协同创新联盟网络成员单位、江苏省老年医学基层特色科室孵化中心协同创新核心单位。在原发性高血压、冠心病、脑出血、糖尿病等老年人常见病、多发病的诊疗方面积累了丰富的临床经验，受到广大老年患者一致好评。
4、骨科
是南通市医学重点学科。常规开展颈椎前后路手术、微创治疗单、多间隙或伴有脊柱侧弯的腰椎管狭窄症、胸、腰椎侧前方减压内固定术、腰椎滑脱后路微创减压植骨融合内固定术、局麻微创治疗单、多间隙腰椎间盘突出症等。
5、肾脏内科
是南通市临床重点专科、南通市基层特色科室孵化中心、苏皖赣血液净化血管通路联盟常务理事单位。常规开展血液透析、血液灌流、血液透析滤过、血浆置换、连续性床旁血液滤过以及肾内科各种常见病、疑难危重病的诊治，包括泌尿系统感染、原发性肾小球疾病等。
