包头市中心医院擅长肾内科、妇科、皮肤性病科、烧伤整形美容科、眼科等。
1、肾内科
包头市中心医院肾内科是在全市最早正式分科的专业学科，2010年被评为包头市肾脏病学的重点学科，连续12年被评为医院“三甲”科室，现为国家肾脏病疾病临床研究网络协作单位，综合业务和学术水平在内蒙肾脏学术界有较强实力和影响力。于2010年在内蒙古率先独立开展肾脏病理检查，肾穿刺活检术、肾脏病理学检查和血液透析滤过、高通量血液透析及床旁血滤为包头市及内蒙古自治区领先项目。
2、妇科
包头市中心医院妇科是包头市临床医学领先学科，入选为中国宫颈癌防治工程定点医院。擅于将国际最新研究成果应用于临床诊治，不断攻克妇科领域难题。建立了先进的盆底康复治疗中心，全年接诊患者50000余人次，已全面开展妇科各类微创手术，完成科研项目数十余项。
3、皮肤性病科
包头市中心医院皮肤性病科，目前拥有过硬的诊疗技术及国际先进的仪器设备，与北大医院、空军总医院、西京医院、昆明医学院附院、协和医科大学附属医院、中国科学院皮肤病研究所等建立合作关系，与国内知名专家教授建立远程会诊。目前皮肤性病科平均床位使用率达到100%，治愈率95%，好转率100%。
4、烧伤整形美容科
包头市中心医院烧伤整形美容科于1992年正式成立，是目前市属医院成立烧伤整形专科最早设备最完善，条件最好，技术力量最雄厚的一个科室。科室成功救治内蒙古首例全身三度烧伤90%的女性患者，烧伤治疗已达内蒙先进水平。率先开展了全耳全鼻和乳房再造手术。
5、眼科
包头市中心医院眼科自建立以来在医、教、研各方面稳健发展，各方面均取得了长足的进步。同时科内中青年骨干技术水平迅速提高，已成为学科建设和发展的骨干力量。诊疗范围包括白内障、屈光手术、眼底病、青光眼、眼视光学、角膜病等方面的诊治。