上海小孩消化科好的医院有复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海交通大学医学院附属新华医院等。复旦大学附属儿科医院消化科位列复旦版专科榜第一名，具有一支梯队合理、技术精湛的医疗队伍，擅长儿童消化系统疾病的诊治等。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心消化内科是上海市儿童肝病中心、儿童胆胰疾病诊治中心，排第五名。上海交通大学医学院附属新华医院小儿消化营养科是上海交通大学医学院临床潜力学科，在全国排第七。
第一名：复旦大学附属儿科医院-消化科
复旦大学附属儿科医院消化科位列复旦版专科榜第一名，具有一支梯队合理、技术精湛的医疗队伍，可开展24小时食管下端pH值检测、电子胃镜、电子结肠镜、胶囊内镜、超声内镜、双气囊小肠镜等检查，擅长儿童急慢性腹泻、腹痛、嗜酸细胞性胃肠炎、儿童过敏性胃肠炎、急慢性胰腺炎等儿童消化系统疾病的诊治、营养支持治疗及内镜诊疗。尤其在极早发型炎症性肠病的基因诊断和脐血干细胞移植治疗方面有较丰富的临床经验。
第二名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-消化内科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心消化内科是集临床、科研、教学为一体的科室，位列复旦版专科榜第五名。还是上海市儿童肝病中心、儿童胆胰疾病诊治中心。对儿童肝胆胰腺疾病、幽门螺杆菌感染、胃炎、消化性溃疡、胆汁淤积性肝病有相当丰富的诊治经验。临床诊疗技术水平位于国内前茅。ERCP手术数量以及手术难度居全国儿童医院前列。
第三名：上海交通大学医学院附属新华医院-小儿消化营养科
上海交通大学医学院附属新华医院小儿消化营养科是上海交通大学医学院临床潜力学科，是交通大学医学院协同创新团队之一，位列复旦版专科榜第七名。收治病种涉及肝胆、胰腺、胃肠、营养多个亚专业，且疑难病例占多数，在小儿肠衰竭诊治方面尤显特色。部分领域发展达到了国内领先水平。在经内镜逆行性胰胆管造影（ERCP）、经皮内镜下胃造口（PEG）和经皮内镜下胃造口空肠置管（PEG/J））等技术的应用处于国内领先水平。
第四名：上海市儿童医院-消化科
上海市儿童医院消化科，系医院重点学科、儿童炎症性肠病多学科诊疗中心、肠道微生态研究中心，儿科消化及感染住规培及专培基地，上海市医师协会专科规培儿童感染组组长、中国妇幼保健协会精准医学专业委员会儿童肠道微生态学组组长、上海市医学会儿科专科分会第十一届委员会感染学组组长单位。消化科具备由多学科专家共同组建的炎症性肠病、肠菌移植（FMT）和遗传性肝病的诊疗团队，致力于提高儿童常见、罕见、以及疑难消化系统疾病的综合诊治能力和规范的临床管理。
第五名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-儿内科
上海交通大学医学院附属瑞金医院儿内科在内分泌、消化、哮喘及过敏性疾病、血液病等儿科系统疾病有丰富临床经验，并开设儿童保健、青少年心理门诊，在多个领域都处于国内领先地位。儿内科在国内首先开始儿童内窥镜的检查，目前已开始了麻醉下内镜、小儿肠镜等项目，其检查最小年龄为新生儿，具有丰富的临床经验。对小儿各种消化系统疾病有丰富的诊断经验与先进的治疗方案。
第六名：上海交通大学医学院附属仁济医院-儿科
上海交通大学医学院附属仁济医院儿科医务人员临床经验丰富，涉及领域由原先单一的感染性疾病，先后扩展至儿童保健、血液、肾脏、心血管、消化、中西医结合、风湿免疫、变态反应疾病等不同亚专业。目前仁济儿科形成以儿童风湿和过敏为诊疗特色。
第七名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-儿科
上海交通大学附属第九人民医院儿科是集医疗、教学和科研为一体的儿科综合性科室，在临床医疗、学科建设、科学研究及人才培养等方面取得了飞速发展和进步，积累了丰富的临床经验，拥有先进的医疗设备和雄厚的技术人才力量。
第八名：上海市第六人民医院-儿科
上海市第六人民医院儿科是为儿童提供全天候服务的三级甲等医院综合性科室，拥有完善的医疗服务质量和就医环境，为广大患儿的康复提供了强有力的保证，在儿科癫痫的诊断及治疗、儿科高热惊厥的防治、儿科心理行为的诊断及治疗等方面积累了丰富的经验。
第九名：上海长海医院-儿科
上海长海医院儿科属三级甲等综合性医院的专业科室集科研、临床和教学于一体，在儿科界已赢得了自己的一席之地，建立起了许多儿科疾病的诊疗特色，在医、教、研等方面取得了长足的进步，组成了一支技术过硬的专业团队，在全国具有较高的学术地位。
