邳州市人民医院擅长骨科、胸外科、泌尿外科、神经外科、风湿免疫科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、骨科
是邳州地区规模最大的骨科。承担着医疗、教学、科研任务，并与中国人民解放军第二军医大学附属长征医院、长海医院骨科有着密切的学术交流。科室拥有国内一流的硬件设施和技术过硬、临床经验丰富的人才梯队，在四肢创伤骨折、脊柱病、骨关节病、骨肿瘤等方面有着丰富的临床经验，并得到广大市民的认可和赞同。
2、胸外科
是邳州市人民医院的重点专科。科室不断汲取国内外各大医疗中心的经验，加强学术交流，在常见病多发病及疑难病的诊治上一直在周边地区有较高声誉。开展的胸腔镜下微创手术，在邳州地区处于领先水平；开展的体外循环瓣膜置换手术，填补了邳州心脏手术空白，在该地区内有较大影响。
3、泌尿外科
为徐州市专业范围较广、水平高、成果多、技术力量雄厚、梯队完善、设备较齐全的临床学科。在徐州市较早开展了经尿道膀胱镜碎石术、输尿管镜钬激光碎石术、输尿管囊肿切除术等。在泌尿外科常见病、多发病及疑难病的诊断及治疗上，一直在周边地区享有较高的声誉。
4、神经外科
是徐州地区最早开展神经外科手术的专科之一。科室拥有一支技术力量雄厚、素质过硬、医术高超的医护人员队伍，成功开展了徐州地区首例“鼻窦镜辅助下经鼻垂体瘤切除术”，从而把邳州市的神经外科肿瘤治疗水平推向一个新的高度。
5、风湿免疫科
科室在苏北地区同级医院中率先开展了风湿性疾病的诊治。拥有完善的医疗设施，能够进行自身抗体测定、唇腺活检、肌电图等各种风湿病的相关检查，为疾病的诊治提供科学依据。在风湿免疫科常见病、多发病及疑难病的诊断、治疗上，在周边地区具有较高的影响力。
