上海甲亢专科医院排名第一的是上海交通大学医学院附属瑞金医院，该医院内分泌科是国内最主要的内分泌代谢研究中心之一，与国际先进水平同步发展，是国家重点建设学科。其他排名靠前的还有上海市第六人民医院内分泌代谢科、复旦大学附属中山医院内分泌科等，均是国家临床重点专科。
第一名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-内分泌科
上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌代谢病专业是国家重点建设学科、国家卫生部内分泌代谢病重点实验室、上海市内分泌代谢病临床质控中心，也是国内最主要的内分泌代谢专业医师进修基地之一。学科为国内最主要的内分泌代谢研究中心之一，且在许多方面形成自己的特色，与国际先进水平同步发展。诊治病种包括糖尿病及其并发症、甲状腺疾病等。
第二名：上海市第六人民医院-内分泌代谢科
上海市第六人民医院内分泌代谢科是国家卫计委重点学科、国家重点专科、上海市医院领先专业重点学科。学科成立了甲状腺结节的多学科协作组，为发现有甲状腺结节、腺瘤、腺癌等各种甲状腺肿瘤的患者提供完整的甲状腺功能评估、结节性质判断、恶性或大结节的手术治疗、术后同位素治疗及术后内分泌功能的维持提供全面周到的服务。在甲状腺疾病（如甲亢）、低血糖症等方面也有了长足发展。
第三名：复旦大学附属中山医院-内分泌科
复旦大学附属中山医院内分泌科为卫生部国家临床重点专科。学科设立了肥胖与脂肪肝、垂体/肾上腺/性腺、甲状腺亚专业组，开设了肥胖、糖尿病泵治疗、甲状腺疾病等10个特色专病门诊。临床检验实验室开展包括化学发光、质谱等内分泌检验项目62项，充分满足了内分泌疾病临床诊治的需要。
第四名：复旦大学附属华山医院-内分泌科
复旦大学附属华山医院内分泌科是国家临床重点专科建设项目，是国内最早成立的内分泌专科之一。科室诊疗特色特色鲜明，为全国各地培养了大批内分泌代谢病的学科带头人，为我国内分泌代谢病专业的发展作出了重要贡献，奠定了学科在专业的领先地位。诊治方位包括糖尿病及其并发症、甲状腺疾病等。
第五名：上海交通大学医学院附属仁济医院-内分泌科
上海交通大学医学院附属仁济医院内分泌科在普通内分泌门诊的基础上，逐渐开设初发糖尿病、多囊卵巢综合征、肥胖和甲状腺疾病等具有亚专业特色的专病门诊，除了紧抓常见病的规范化诊疗，还长期关注特殊疾病和少见病临床诊治能力的提升，紧跟医学发展，将疾病诊断从临床诊断深入到分子诊断，使诊断更明晰、治疗更准确。
第六名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-内分泌科
上海交通大学医学院附属第九人民医院内分泌科，是集临床、教学、科研为一体的临床科室，是上海交通大学医学院重点学科。在同位素示踪剂用于内分泌代谢路径的研究和临床应用、性发育异常诊断和治疗、甲状腺结节、甲状腺相关突眼病诊断和治疗、内分泌单基因遗传病的研究处于国内领先的地位。
第七名：上海长海医院-内分泌科
上海长海医院内分泌科，形成了集医、教、研为一体的全面发展的综合学科，为海军军医大学硕士学位授权学科。科室在糖尿病慢性并发症的防治、肥胖症、脂肪肝、高尿酸血症及痛风、高脂血症、甲状腺疾病和骨质疏松症等领域形成了自己的特色。
第八名：上海交通大学医学院附属新华医院-内分泌科
上海交通大学医学院附属新华医院内分泌科，主要从事糖尿病及其并发症、甲状腺疾病、肾上腺疾病、痛风和高尿酸血症、肥胖症、高脂血症等内分泌代谢疾病的医疗、教学和科研工作。较早开展胰岛素泵、动态血糖监测的临床运用，在全院血糖管理方面有着较为成熟的机制和流程。
第九名：上海市第一人民医院-内分泌代谢科
上海第一人民医院内分泌代谢科内分泌代谢科为首批16家国家标准化代谢性疾病管理中心之一、全国糖尿病教育管理认证单位、国家临床药理研究基地。主导成立了上海市第一人民医院甲状腺疾病诊疗中心、骨质疏松联合诊治中心，践行多学科携手诊治内分泌代谢性疾病以及为患者提供一站式服务的诊疗新模式。
第十名：上海市公共卫生临床中心-内分泌科
上海市公共卫生临床中心内分泌代谢科，诊疗重点为慢性代谢性疾病、甲状腺疾病、骨质疏松、肾上腺疾病，如原发性醛固酮增多症的诊治。在上海建立第一家以大门诊小病房为特色的运行模式，侧重在慢性代谢疾病的信息化智能化管理和感染相关内分泌代谢疾病诊治。
