河南中医药大学第三附属医院擅长心血管科、肺病科、脑病科、针灸科、肿瘤科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、心血管科
河南中医药大学第三附属医院心血管科是国家中医药管理局重点专科。设有危重症监护室、抢救室，配备有先进的心电监护系统、动态血压监测系统等各种先进设备，合理选择多种先进的诊疗手段，防治结合，中西医优势互补。运用药物疗法及非药物疗法(针灸、推拿、点穴、脐疗等)，为患者制定优化诊疗方案，以获得最佳效果。擅长治疗心脑血管常见病、多发病、急危重症、疑难病症。科室与国内相关重点学科专家建立了广泛的学术关系，及时吸收国内外最新研究成果，为患者提供高水平的医疗服务。
2、肺病科
河南中医药大学第三附属医院肺病科，是第四批河南省重点中医专科建设单位。科室以中西医结合为特色，收治病种丰富，对呼吸系统的常见病、多发病以及疑难危重症的诊治能够发挥较好的中医药优势，尤其在慢性肺系疾病如：顽固性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病、肺间质纤维化、支气管哮喘、支气管扩张症、肺动脉高压、肺源性心脏病、慢性肺栓塞、肺癌、睡眠呼吸暂停低通气综合征、慢性呼吸衰竭等的诊断、治疗、康复方面积累了丰富的经验。
3、脑病科
河南中医药大学第三附属医院脑病科是河南省重点中医专科，是该医院重点发展科室，也是未来国家中医药管理局重点的集科研、医疗、教学于一体的专业科室。科室技术力量雄厚，拥有肌电图诱发电位系统、脑电图、脑地形图等设备，设备配置达到了国内同行业先进水平。科室重点本科围绕中医药治疗中风、眩晕、痴呆、颤证、郁证等疾病展开科研攻关，先后开发出多个院内中药制剂和中医非药物特色疗法。中医特色治疗记忆力下降、健忘、老年流口水、顽固性失眠、肢体麻木等疾病。
4、针灸科
河南中医药大学第三附属医院针灸科是国家中医药管理局重点专科，是该医院最早成立的科室之一，也是该院的特色科室。该科与河南中医学院针灸推拿学科相互依托，集医疗、科研、教学任务为一体，对于哮喘、失眠、肥胖、中风、小儿脑瘫、甲亢等多种常见病和疑难杂症都有良好疗效，并有一批特色技术列为国家中医管理局技术推广项目，如邵氏“五针法”治疗哮喘技术、调卫健脑针法和三部推拿法治疗失眠技术、隔姜灸治疗化疗所致白细胞减少症技术等。
5、肿瘤科
河南中医药大学第三附属医院肿瘤科是国家中医药管理局重点专科，是国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位，集临床、教学、科研为一体。科室拥有丰富成功经验的肿瘤中西医结合医疗及护理专家团队，配备先进诊疗设备，结合国内外最先进的诊疗技术，针对不同类型、期别的肿瘤患者，设计综合治疗程序和方案，开展有序、合理的肿瘤多学科治疗，获得良好临床治疗效果，其诊疗范围包括肺癌、食管癌、胃癌、结直肠癌、乳腺癌等。
