北京治疗纵膈结节比较好的医院是中日友好医院、北京协和医院、中国人民解放军总医院，治疗纵膈结节可以就诊于呼吸与危重症医学科，中日友好医院呼吸与危重症医学科是国家呼吸医学中心、国家呼吸疾病临床医学研究中心，也是国家重点学科、国家临床重点专科。北京协和医院呼吸内科是我国一流的呼吸科学临床和研究中心及呼吸疑难病诊治中心；中国人民解放军总医院呼吸与危重症医学部是国家重点学科、全军呼吸病研究所、全军和北京市重点实验室。
第一名：中日友好医院-呼吸与危重症医学科
中日友好医院呼吸与危重症医学科（PCCM科)是国家呼吸医学中心、国家呼吸疾病临床医学研究中心、中国医学科学院呼吸病学研究院、首都医科大学呼吸病学系依托单位，也是国家重点学科(内科学呼吸系病)、国家临床重点专科，PCCM规范化建设示范单位。科室在以下领域处于国内领先地位,在国际上也具有较大影响力，擅长治疗慢阻肺、哮喘与慢性咳嗽、呼吸系统感染、间质性肺疾病、纵膈结节等疾病。
第二名：北京协和医院-呼吸与危重症医学科
北京协和医院呼吸与危重症医学科为我国最早成立的呼吸科专业科室之一，是我国一流的呼吸科学临床和研究中心及呼吸疑难病诊治中心，拥有众多的我国呼吸专业的老前辈或知名教授。协和呼吸科目前包括11个分组，分别为慢性阻塞性肺疾病组、睡眠呼吸障碍组、间质性肺病组、肺癌中心、肺栓塞与肺血管疾病组、哮喘组、危重症医学组、感染组、介入组、呼吸治疗组和控烟组，在纵膈结节的治疗方面经验丰富。
第三名：中国人民解放军总医院-呼吸与危重症医学部
中国人民解放军总医院呼吸与危重症医学部，是国家重点学科、全军呼吸病研究所、全军和北京市重点实验室、国内首批PCCM专科医师规范化培训示范单位。医学部是集呼吸内科（含感染、肺癌、慢阻肺、哮喘、肺间质病、肺血管病、纵膈结节、呼吸康复等）、ICU、胸外和血管介入等内外介入于一体，是国内规模最大、亚专科设置最全、内外介入一体化的胸科医疗单位之一。学部临床资源极为丰富，医疗水平军队领先、国内第一梯队，科研、教学、力量雄厚，已成为集专业卫勤、胸部疾病诊治、呼吸道传染病防控、教学科研、智能化服务于一体的全军乃至全国高水平胸科疾病卫勤保障基地。
第四名：首都医科大学附属北京朝阳医院-呼吸与危重症医学科
首都医科大学附属北京朝阳医院呼吸与危重症医学科已发展成为呼吸医学领域集医、教、研、防于一体的现代诊治中心与人才培养基地。为国家重点学科、首都医科大学呼吸病学系主任单位、首都医科大学硕士、博士研究生培养点及博士后流动站。北京市呼吸疾病研究所、世界卫生组织(WHO)烟草或健康合作中心、北京市呼吸与肺循环疾病重点实验室、以及北京呼吸与危重症医学工程技术研究中心等多家学术机构设在本学科，在肺癌、纵膈结节、慢阻肺的综合治疗方面，处于领先水平。
第五名：北京大学第一医院-呼吸和危重症医学科
北京大学第一医院呼吸和危重症医学科是国内最早建立的呼吸专科之一，是我国最早获批的教育部呼吸病学博士点单位之一及首批呼吸专业国家药品临床研究基地，还是国家呼吸病学重点专科建设单位、北京市胸部微创手术中心。在呼吸疑难危重症、肺癌全生命周期诊疗、间质性肺病、哮喘和慢阻肺、睡眠呼吸病、肺血管病、肺感染性疾病、纵膈结节、呼吸系统少见疾病等领域居国内领先地位，在呼吸内镜和介入呼吸病学技术领域居国际先进水平。
第六名：北京大学第三医院-呼吸与危重症医学科
北京大学第三医院呼吸与危重症医学科（呼吸科）是集医疗、科研、教学为一体的具有国内先进水平的学科。2012年入选国家临床重点专科建设项目，2018年被评定为“国家呼吸与危重症学科规范化建设三级医院优秀单位”。擅长纵膈结节、慢阻肺、哮喘、戒烟、肺癌、睡眠呼吸障碍、胸部疑难疾病等疾病的治疗；开展肺部结节、哮喘和过敏疾病多学科会诊。
第七名：北京大学人民医院-呼吸与危重症医学科
北京大学人民医院呼吸与危重症医学科是国家临床重点专科，全国呼吸疑难与危重症临床诊疗中心，集医疗、教学和科研一体，长期致力于对各种呼吸系统疾病及危重症精准诊断和规范治疗。科室设立慢性阻塞性肺疾病、哮喘、肺部感染、呼吸危重症、睡眠呼吸障碍、肺癌、介入呼吸病学、肺间质病、肺栓塞及肺血管病等9个专业组，在慢性阻塞性肺病、哮喘、肺间质病、肺癌、纵膈结节等疾病的治疗方面具有特色。
第八名：北京天坛医院-呼吸内科
北京天坛医院的呼吸内科对于呼吸疾病的综合诊治能力已处于国内先进水平，经呼吸内镜的腔内介入治疗是呼吸内科的特色，有关呼吸系统感染性疾病方面的研究达国内先进水平。呼吸内科在国内较早的建立了慢性咳嗽诊治专科门诊、慢性咳嗽诊治专业实验室及慢性咳嗽诊治流程，治愈了很多慢性咳嗽的患者，在纵膈结节的治疗方面已经波及外省市。
第九名：中国医学科学院阜外医院-呼吸与肺血管疾病诊治中心
中国医学科学院阜外医院的呼吸与肺血管疾病诊治中心，是国内最早的心肺循环临床研究基地，收治各种心血管内科疾病，特别是专长于各种肺血管疾病如肺栓塞、肺动脉高压，心肺血管病合并睡眠呼吸暂停，纵膈结节等的诊断及治疗。自1997年以来开展了肺栓塞等肺血管病的介入治疗，率先开展和报道了Amplatz血栓消融术治疗大面积肺栓塞，效果满意，无明显并发症发生。
第十名：首都医科大学附属北京同仁医院-呼吸内科
首都医科大学附属北京同仁医院的呼吸内科，科室结构设置完备，包括门诊、普通病房、呼吸重症监护室(RICU)、支气管镜室、肺功能室、药理基地等。门诊开设了支气管哮喘、慢性阻塞性肺病、慢性咳嗽、支气管肺癌等专病门诊。科室在支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、呼吸道感染性疾病、肺部肿瘤、肺间质纤维化、纵膈结节等疾病的诊治方面达到国内先进水平。