南通市中医院擅长脾胃病科、骨伤科、妇科、肾病科、肺病科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、脾胃病科
是国家级中医重点建设专科、江苏省重点中医临床专科、南通市医学重点学科，目前在省内同类学科中处于领先地位。科室运用利胆和胃、健脾通降法治疗胆汁反流性胃炎等方面的技术，处于省内领先、国内先进水平。
2、骨伤科
是省重点专科建设单位、南通市重点专科，科室开展的颈椎椎间盘置换技术、关节镜下自体半腱肌腱重建膝关节前交叉韧带等高难度手术，现已成为科室的新特高技术项目。
3、妇科
科室坚持传统医学和现代医学相结合，形成了妇科不孕症、子宫内膜异位症、盆腔炎、痛经、多囊卵巢综合征、更年期综合征等方面的中医治疗特色，能够为患者提供优质的医疗服务。
4、肾病科
是省重点建设专科、江苏省重点专科、南通市肾脏病重点发展学科，科室经过长期临床工作积累，总结出了具有专科特色的中西医诊疗规范，能够综合治疗各种原发性及继发性肾病，提高患者的生活质 量。
5、肺病科
是江苏省中医重点专科、南通市中医重点专科，科室以中西医结合为特色，以现代医学诊断和治疗技术为平台，融入祖国医学辨病、辨证治疗手段，其中采用本院特色制剂康咳灵、金荞麦水剂治疗慢性阻塞性肺病、肺脓疡达国内领先水平。
