云南省第一人民医院擅长眼科、血液科、儿科、肝胆外科、生殖医学科等。
1、眼科
被云南省卫生厅列为重点专科、云南省眼底病研究中心、云南省住院医师眼科专科规培基地。目前，科室已形成了结构合理、优势突出、发展平衡、特色鲜明的专科体系。拥有白内障、眼底病、青光眼等多个亚专科设置。其中白内障、眼底病为科室的优势专业，以手术效果好、并发症低闻名全省。科室先后在省内实行了首例人工晶体植入术、白内障超声乳化技术等。
2、血液科
是云南省最早成立的血液病专科，是云南省重点临床专科、云南省血液病临床研究中心，承担着全省血液病诊治、科研和教学任务。目前，血液科在该省已发展成为技术力量雄厚、设备先进齐全的血液病诊治研究中心，在云南血液学界创出了品牌，主要开展诊断和治疗各种造血系统疾病，包括各种贫血、出血性疾病、急慢性白血病、淋巴瘤、浆细胞病等常见病和多发病以及疑难病。
3、儿科
为云南省内专业设备齐全、技术力量雄厚，具有重要学术地位和影响的科室，承担着省内儿科常见及疑难病的诊治、教学、科研、危重病急救等任务。科室在省内率先开展小儿经皮肾穿刺活检技术，大大提高了肾脏病的诊治水平，是目前省内唯一一家行小儿肾穿刺活检的科室。血液专业对疑难危重血液病的诊疗水平亦属省内一流，并已开展小儿白血病规范化疗方案。科室总体诊疗水平省内领先。
4、肝胆外科
是人才聚集、设备一流，集医疗、科研、教学为一体云南省重点专科，是云南省肝胆外科研究中心肝胆研究室。科室肝胆胰脾疾病的诊治水平以及在国内省内的学术地位有了显著提高，取得了显著成绩。在各种肝癌的肝切除手术、胰腺癌的诊断和手术治疗、急性重症胰腺炎的诊治、腹腔镜和手辅助腹腔镜等微创疗法治疗腹部外科疾病等方面已达到全国先进水平。
5、生殖医学科
是云南省最早一家通过卫生部审批开展人类辅助生殖技术的医疗机构。拥有全省规模最大的辅助生殖实验室、生殖内分泌实验室等，率先在云南省内开展人类辅助生殖技术，多项新业务新技术全方位填补云南省内空白，引领着云南省生殖医学的发展。病人规模量和成功率居西南领先、国内先进水平。在复旦版《2018年度中国最佳医院专科声誉榜》中，位居西南地区生殖医学排行榜第3位。
