中国比较好的男科医院是中国人民解放军总医院、北京大学第一医院、上海交通大学医学院附属仁济医院，中国人民解放军总医院泌尿外科已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心，2021年全国医院专科排行榜位居全国第1位。北京大学第一医院男科中心有多种先进设备；上海交通大学医学院附属仁济医院男科在上海市乃至国内处于男科领域的领导地位。
第一名：中国人民解放军总医院-泌尿外科
中国人民解放军总医院泌尿外科由第一医学中心（解放军总医院本部）、第三医学中心（原武警总医院），第四医学中心（原解放军第304医院），第五医学中心（原解放军第307医院），第六医学中心（原海军总医院），第七医学中心（原陆军总医院），第八医学中心（原解放军第309医院）七个中心组成。现已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心，2021年全国医院专科排行榜位居全国第1位。医学部设结石外科、肾脏外科、膀胱外科、前列腺外科、肾上腺外科和男科6个亚专科和专业组和1个研究所。
第二名：北京大学第一医院-男科中心
北京大学第一医院男科中心是集医疗、教学、科研为一体的新建科室，是北京大学博士点和博士后流动站之一。设有男科特需门诊、男科专家门诊、手术室等，配备有全数字化膀胱尿道镜、尿道内切开镜等先进设备，业务范围包括婴幼儿男性性腺和性器官发育异常、青春期男性性器官和功能发育延迟、性功能障碍、男子节育与避孕等。
第三名：上海交通大学医学院附属仁济医院-男科
上海交通大学医学院附属仁济医院男科获得卫生部重点专科在建（男科是重点建设的两个方向之一），始终处于上海市乃至国内男科领域的领导地位。男科疾病临床诊疗规范化程度位居国内领先水平，尤其是无精子症规范化诊疗流程，受到国际同行的关注。其他诊疗特色包括男性勃起功能障碍的早期诊治、早泄的规范化诊疗等。
第四名：北京大学第三医院-男科
北京大学第三医院男科下设男性健康门诊及男科专家门诊，并建有男科检查室、男科手术室等。其诊疗范围为男性不育、男性性功能障碍、性传播疾病、前列腺疾病及其它男性生殖系疾病等。科室拥有丰富的临床经验、先进的实验室设备，能开展多项男性生育能力检测的实验，在全国学术界有重要影响。
第五名：四川大学华西医院-泌尿外科
四川大学华西医院泌尿外科是我国最早建立的泌尿外科专业之一，在泌尿外科领域拥有雄厚的基础，一直是我国泌尿外科疾病、微创泌尿外科和肾脏移植的医疗、科研、教学中心，其整体学术水平长期位居全国前列，是泌尿外科专业硕士学位和博士学位授予权单位及博士后流动站，是中华医学会泌尿外科学分会西南微创泌尿培训中心。科室开展业务覆盖泌尿外科所有亚专业，包括泌尿系肿瘤、前列腺疾病、微创、结石、尿路修复与重建、男科、肾移植、女性泌尿等。
第六名：中山大学孙逸仙纪念医院-泌尿外科
中山大学孙逸仙纪念医院泌尿外科简称“仙尿科”，是中国泌尿外科发源地。在这里开展了我国第一例膀胱切开取石术、中国第一例经尿道碎石术、中国医院专科声誉排行榜中排名第五，华南第一（2019年发布），现为国家临床重点专科、广东省医学重点学科，是广东省泌尿外科医联体牵头单位，是国际认证的泌尿外科培训基地及微创技术培训中心、中山大学博士学位、硕士学位培养点、博士后流动站，中国膀胱癌联盟牵头单位。科室在肿瘤、微创、结石亚专科达到国内领先水平。
第七名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-泌尿外科
华中科技大学同济医学院附属同济医院泌尿外科，目前常规开展业务包括前列腺癌根治术、膀胱癌根治术、肾部分切除术、UPJO成型术等多种手术类型，特别是在国内较早开展完全机器人辅助腹腔镜下肾根治性切除+下腔静脉瘤栓取出术、完全机器人辅助腹腔镜下膀胱根治性切除+回肠原位新膀胱术、机器人辅助腹腔镜下后入路前列腺根治性切除术、机器人辅助全腹腔内输精管探查显微吻合术，位居国内前列，在国内处于领先地位。
第八名：上海长海医院-泌尿外科
上海长海医院泌尿外科是新中国成立后的第一批泌尿外科专业学科，2001年成为第二军医大学泌尿外科中心，2003年成立全军前列腺疾病研究所。2007年成为上海市重点学科和国家重点学科，并成为首批卫生部示范内镜诊疗技术培训基地。2008年成为上海市泌尿外科临床质控中心主任委员单位。科室是国内最大的微创泌尿外科培训基地之一。学科在前列腺癌的早期诊断、根治手术以及综合治疗方面处于国际领先水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、男科疾病的诊治等领域处于国内领先水平。
第九名：浙江大学医学院附属第一医院-泌尿外科
浙江大学医学院附属第一医院泌尿外科是全国最大的泌尿外科中心之一，是国家临床重点专科，浙江省医学重点学科，浙江省医学支撑学科，浙江省中西医结合前列腺病学重点学科。该科技术能力雄厚、医疗设备先进，拥有微创经皮肾镜、腹腔镜、达芬奇机器人手术系统等先进设备。该科室在疑难杂病的诊治在国内独树一帜，经过多年发展，在一下方面积累了丰富经验，并创新发展：前列腺疾病的诊治、泌尿系肿瘤的诊治、男科学和盆底及尿道疾病诊治等，治疗效果达到国内先进水平。