北京市和平里医院擅长骨科、神经内科、内分泌科、口腔科、眼科，这些科室具有明显的专家优势，拥有高超的诊疗水平，能够为患者提供全方位一站式服务。
1、骨科
是北京市和平里医院的医疗重点科室。在本市区级医院中率先引进了进口计算机导航设备指导手术，使手术创伤减小，手术的准确性极大的提高，广受患者好评。科室还配备进口关节镜设备、进口C-型臂X线透视机、进口骨科动力系统等先进的手术设备，保障骨科手术安全有效地进行。
2、神经内科
是医院的重点科室。作为东城区脑神经血管病防治康复协作中心的重点科室之一，主要收治各种类型的脑血管病、帕金森氏病、癫痫等患者，对一些少见病症，如多发性硬化、多系统萎缩、重症肌无力、格林巴利综合征等也有一定的诊治能力。在业务开展方面，为急性脑卒中患者开通了绿色通道，让病人在最短的时间内得到最有效的治疗，以改善病人的预后。
3、内分泌科
科室技术力量雄厚，设有普通门诊、糖尿病门诊、专家门诊等，国医大师孙光荣教授亲临指导，强调治疗方法的多样化，制定个体化的中西医结合综合诊疗方案，为患者提供“全年控糖计划”。独具特色的穴位贴敷、透皮火疗、全息脉冲等治疗，对糖尿病肾病和糖尿病周围神经病变取得了很好疗效。
4、口腔科
是首都发展医学科研基金资助的特色专业，是医院重点科室。拥有一批技术精湛、具有良好医德医风的口腔专科医师队伍和护理人员，配备有先进的医疗辅助设备，能广泛开展口腔牙体牙髓病、儿童牙病、口腔颌面疾病、口腔修复、正畸、种植义齿和牙齿美容等疾病的治疗。
5、眼科
为北京市和平里医院的重点专科。科室不断开展新技术、新业务，其中白内障超声乳化摘除联合人工晶体植入手术达到国内先进水平，并开展了多焦点人工晶体植入术，使白内障术后的患者拥有远中近全程视力，不需再配戴眼镜，受到患者一致好评。
