浙江大学医学院附属儿童医院擅长小儿内科、小儿普外科、新生儿科、康复科、泌尿外科。这5个科室均为国家临床重点专科，拥有先进的诊疗设备及雄厚的专业实力。
1、小儿内科
是国家临床重点专科，在小儿呼吸、小儿消化、儿科重症、血液肿瘤等多个亚专科达到国内领先或先进水平，尤其在危重患儿救治等儿科高精尖技术创新运用方面引领全国，综合实力稳居全国第一方阵。
2、小儿普外科
为国内规模最大的小儿外科诊疗专科之一，是浙江省最大的小儿外科专科培训基地。科室在达芬奇机器人手术、儿童器官移植、儿童ECMO等儿科高精尖技术创新运用方面引领全国，对先天性胆总管囊肿、先天性巨结肠、小儿急腹症、腹股沟斜疝等疾病有较高的诊疗水平。
3、新生儿科
是国家临床重点专科和浙江省医学重点学科，科室各亚专科设置齐全，涵盖新生儿呼吸、新生儿神经、新生儿心血管、新生儿感染、新生儿黄疸、新生儿营养以及新生儿外科等，诊治范围广泛，已成为融专科门诊、病房、实验室成一体的新生儿疾病诊治和研究中心。
4、康复科
是国内最早成立的儿童康复科之一，现拥有一支技术精湛的医疗团队，科室长期以来致力于儿童神经发育障碍性疾病（脑性瘫痪、孤独症谱系障碍、注意缺陷多动障碍及学习障碍等）及骨关节病、神经肌肉病等诸多儿科疾病的防治与康复工作，综合实力位居国内前列。
5、泌尿外科
已发展成为国内最大的小儿泌尿外科疾病诊治中心之一，在国内最早开展小儿膀胱镜、尿道镜、腹腔镜微创无创手术。多年来常规开展各种小儿泌尿外科疾病手术及治疗，绝大部分为先天性泌尿生殖系统结构畸形等疑难病症的手术矫治。
