甘肃省妇幼保健院擅长的科室有产科、妇科、生殖内分泌科、乳腺外科、妇女保健科等。
1、产科
甘肃省妇幼保健院产科始建于1942年，是甘肃省该领域内规模最大、专业技术力量最强的专科体系，是国家卫生健康委第一批授予的“爱婴医院”和“国家级孕产期保健特色专科医院”，是甘肃省临床医学重点学科、甘肃省产科临床医学中心、甘肃省孕产妇急救中心、甘肃省产科质控中心、甘肃省中医药大学研究生培养基地、全国规范化助产士培训基地、国家母婴护理专科护士培训基地及国家母乳喂养技术指导培训中心。
2、妇科
甘肃省妇幼保健院妇科是甘肃省临床重点学科，是2012年成立的以腔镜微创技术为特色的学科。科室在宫颈癌、子宫内膜癌、卵巢癌、外阴癌等妇科恶性肿瘤微创手术、子宫内膜异位症和生殖道畸形诊疗方面具有鲜明特色，形成以子宫内膜异位症治疗中心、慢性盆腔痛治疗中心、生殖道畸形治疗中心为特色亚专业发展方向，尤其在宫腹腔镜联合及多种途径联合治疗方面有丰富经验。
3、生殖内分泌科
甘肃省妇幼保健院生殖内分泌科，是甘肃省生殖内分泌甲等重点学科、国家更年期保健特色专科建设单位。目前主要开展业务科室致力于女性生育力保护和促进，率先在西北五省开展复发性流产的精准保胎治疗，设有月经病、多囊卵巢综合征、不孕不育、子宫内膜异位症、更年期等专病门诊，同时开展多种生殖外科微创手术，包括：导致不孕不育的各类疾病、影响女性生育功能的各类疾病、采用无痛及宫腹腔镜微创处理计划生育手术及各种并发症等。
4、乳腺外科
甘肃省妇幼保健院乳腺外科为甘肃省临床医学重点学科，是集医疗、教学、科研于-体的现代乳腺专科，现已发展成为由乳腺肿瘤、乳腺微创、乳房整形、乳房保健四个临床中心组成的临床学科，技术力量雄厚，拥有省内知名乳腺专家数名。科室开展的乳腺微创技术填补了西北五省的空白，达到国内先进水平。
5、妇女保健科
甘肃省妇幼保健院妇女保健科，属于国家级特色专科。长期承担国家及甘肃省妇幼卫生项目省级培训、督导与质控工作。目前主要开展业务针对女性全生命周期进行健康管理及综合保健儿童、青春期保健特色专科（儿少妇科）以女童和青春期女性生殖器的发育、性生理改变的保健和疾病防治为特色的专科，又称为小儿和青少年妇科。诊疗范围包括儿童及青春期的外阴阴道炎、小儿阴唇粘连、阴道异物等。